Ni amb els Reis Catòlics, ni amb els Àustries, ni amb els primers Borbons. Fins el 1785 la Monarquia Hispànica no va tenir una bandera comuna que s’identifiqués amb l’Estat, sinó que van emprar-se diferents estendards reials, locals o nobiliaris com a conseqüència de la naturalesa composta de la monarquia. Així, l’actual bandera espanyola no apareix fins el regnat de Carles III i inicialment amb un objectiu limitat: una ensenya nacional que identifiqués internacionalment l’armada espanyola.

D’aquesta manera, Carles III va decidir, d’entre diferents projectes de combinació de colors, establir la bandera la vermella i groga perquè tenia una millor visibilitat des del mar:

Para evitar los inconvenientes y perjuicios que ha hecho ver la experiencia puede ocasionar la Bandera Nacional de que usa Mi Armada Naval y demás Embarcaciones Españolas, equivocándose a largas distancias ó con vientos calmosos con la de otras Naciones, he resuelto que en adelante usen mis Buques de guerra de Bandera dividida a lo largo en tres listas, de las cuales la alta y la baja sean encarnadas y del ancho cada una de la cuarta parte del total, y la de enmedio, amarilla, colocándose en ésta el Escudo de mis Reales Armas, reducido a los dos quarteles de Castilla y León, con la Corona Real encima; y el Gallardete en las mismas tres listas y el Escudo a lo largo, sobre Quadrado amarillo en la parte superior. Y que las demás Embarcaciones usen, sin Escudo, los mismo colores, debiendo ser la lista de enmedio amarilla y del ancho de la tercera parte de la bandera, y cada una de las partes dividida en dos partes iguales encarnada y amarilla alternativamente, todo con arreglo al adjunto diseño. No podrá usarse de otros Pavellones en los Mares del Norte por lo respectivo a Europa hasta el paralelo de Tenerife en el Océano, y en el Mediterráneo desde el primero de año de mil setecientos ochenta y seis; en la América Septentrional desde principio de julio siguiente; y en los demás Mares desde primero del año mil setecientos ochenta y siete. Tendréislo entendido para su cumplimiento.

Vuit anys més tard, Carles IV va estendre l’ús de la nova bandera a les places marítimes. Tanmateix, no va ser fins a la Guerra del Francès quan la nova bandera espanyola va popularitzar-se: Cadis, precisament com a conseqüència de la seva condició de plaça marítima, va utilitzar la bandera vermella i groga com a símbol de la seva llibertat i resistència davant de l’exèrcit francès. Posteriorment, el 1843, Isabel II va decretar el seu ús com a ensenya de l’exèrcit de terra. Igualment, cal tenir present que no seria fins a la dècada de 1860 quan el seu ús va consolidar-se com a pavelló d’Espanya.