La Pau de Basilea de 1795 va suposar un canvi en les aliances internacionals. A partir d’aquest moment, Espanya serà novament un aliat subordinat de la França del Directori, en aquest cas contra la monarquia anglesa, en especial després del pacte segellat a Sant Ildefons el 1796. Aquest tractat suposava una aliança ofensiva i defensiva francoespanyola contra Anglaterra. Seguint aquesta política, i ja amb Napoleó Bonaparte instal·lat al poder amb el Consolat, el 1801, Espanya, pressionada per França, trencarà les relacions amb Portugal davant la negativa portuguesa a tancar les seves fronteres al comerç britànic.

En aquest context, quan Napoleó va ser proclamat emperador, en 1804, es declararia el blocatge continental al comerç Britànic i Portugal restaria com l’únic aliat continental dels britànics en el continent europeu. Davant d’aquesta situació, Carles IV es tornaria a aliar amb França. Ara bé, l’aliança amb Napoleó era un perill per una Espanya immersa en una greu crisi política, econòmica, social i cultural. L’aliança hispano-francesa conduïa directament cap a la guerra amb Anglaterra i la Tercera Coalició, exactament el darrer que necessitava el país.

El 1805 el govern espanyol es veia obligat a posar la seva esquadra naval al servei de Napoleó. Els exèrcits navals de França i Espanya, integrats per 18 vaixells i 7 fragates per part francesa i per 15 vaixells per part espanyola, van reunir-se a Cadis sota el comandament de l’almirall Pierre Villenueve, el qual no aixecava massa simpaties entre els mariners espanyols, i l’espanyol Federico Gravina. Quan van sortir del port van trobar-se cara a cara amb la flota anglesa, comandada per l’almirall Horatio Nelson i composta per 27 vaixells i 6 fragates, la qual va bloquejar-los i va llançar la seva ofensiva davant del cap de Trafalgar.

El xoc passaria a la història. Era la matinada del 21 d’octubre de 1805, la data de la Batalla de Trafalgar, l’enfrontament naval més important del segle XIX. Mentre la flota francoespanyola es trobava estesa en forma d’arc a sis quilòmetres, l’almirall Nelson encoratjava els seus homes amb la famosa frase que passaria a la posteritat: “Anglaterra espera que tots els homes compleixin amb el seu deure”. Aleshores, els anglesos van atacar perpendicularment mitjançant dues columnes que primer van dividir la flota francoespanyola i després van atacar els vaixells.

En menys de sis hores de batalla en el front de Trafalgar, 4.480 mariners francesos i espanyols havien mort en combat, 2.220 es trobaven ferits en diferents graus, 7.000 havien estat fets presoners, prop d’una dotzena de vaixells havien estat destrossats i no trigarien a enfonsar-se en les profunditats de l’oceà, una altra dotzena havia estat apressada pels anglesos, Villeneuve era pres amb el seu vaixell Bucentaure i el contraalmirall Dumanoir fugia en desbandada… Només nou vaixells, comandats per Gravina, tornarien a Cadis. La victòria anglesa era indiscutible, per molt que Nelson hagués mort sobre la nau Victory i el seu cadàver es trobés amagat en una barrica de conyac. El balanç de 449 mariners morts i 1.214 ferits no amagava la victòria total sobre Napoleó.

El resultat conferia aires de tragèdia a la desfeta. Les aigües del cap Trafalgar havien esdevingut un mar de la mort en el qual la flota naval espanyola s’havia enfonsat per sempre més com a conseqüència del desastre. Espanya havia perdut deu vaixells. Igualment, la preponderància naval francesa restava tocada de mort, tot liquidant l’intent napoleònic d’imposar-se en el domini marítim. França havia perdut dotze dels seus vaixells. Així, Anglaterra s’havia guanyat una preponderància marítima que es mantindria fins a la Segona Guerra Mundial. I l’almirall Nelson havia esdevingut llegenda.