El febrer de 1641 s’iniciava una etapa de domini francès sobre Catalunya, que a la vegada veia com desapareixia la principal figura de la revolta i separació del Principat: el 28 de febrer moria Pau Claris. En poc temps, l’idíl·lica aliança amb França donaria pas a una nova realitat en la qual el Principat passaria a convertir-se en una simple colònia francesa, política i econòmicament. Era igual la Monarquia Hispànica que França, les dinàmiques i la lògica de l’Estat modern s’imposaven als privilegis de l’oligarquia.
La nova Diputació del General va tancar les negociacions per a ratificar l’aliança de Catalunya amb França. Així, el 19 de setembre de 1641, el rei Lluïs XIII va signar a la Péronne un pacte que preservava formalment l’ordenament institucional i legislatiu català i que incloïa algunes reformes com l’abolició dels quints dels impostos municipals, la limitació de la jurisdicció de la Inquisició o la regulació dels allotjaments. Tanmateix, la dependència militar catalana respecte de França limitaria la vigència del pacte francocatalà.
Entre 1641 i 1652, Catalunya va estar sota les ordres de vuit lloctinents diferents, cap d’ells català. Tot i això, en la pràctica, foren tres les persones que realment van succeir-se en el poder francès sobre el Principat: Bernard Du Plessis de Besançon (1640-1641), artífex dels primers pactes amb França i ànima de la resistència catalana a la Batalla de Montjuïc; René de Voyer d’Argenson (1641-1643), intendent encarregat de la institucionalització del poder francès a Catalunya; i Pèire de Marca (1644-1652), visitador que dirigiria la repressió contra els dissidents del poder francès.
Si bé en l’àmbit oficial i protocol·lari les relacions de les institucions catalanes amb la monarquia francesa oferien una aparença idíl·lica i alguns èxits militars van aixecar adhesions a la nova etapa política, la realitat és que aviat començaria a qüestionar-se la fermesa de l’aliança política amb els Borbons francesos, especialment des de l’entronització de Lluís XIV com a nou rei de França.
En aquest sentit, la caiguda del comte-duc d’Olivares com a privat de Felip IV, l’assignació a Catalunya d’un paper cada cop més marginal i secundari en la política francesa, els problemes interns derivats de l’allotjament de les tropes franceses, la introducció de la competència comercial francesa, les creixents tensions entre l’administració francesa i les institucions catalanes, les repetides vulneracions de lleis i constitucions, i l’arribada de les primeres derrotes militars, van fragmentar la classe dirigent catalana.
D’aquesta manera, el procés revolucionari i la ruptura amb la Monarquia Hispànica de Felip IV per integrar Catalunya en la monarquia francesa van derivar en una creixent divisió social interna. Així, una part de la classe dirigent va prendre partit contra França. Bona part dels desafectes a la causa francesa van acabar fugint o sent desterrats del país per part de les autoritats borbòniques. Per tant, la inestabilitat i la permanent conflictivitat naixia entre els mateixos dirigents catalans.
D’altra banda, en el plànol militar, després de la derrota de Montjuïc, la Monarquia Hispànica només controlava el Rosselló, Roses, Tortosa i Tarragona. S’iniciava un conflicte fronterer. El primer front de batalla va ser Lleida, fins que el 1644 les tropes castellanes van ocupar-la definitivament. El següent espai de conflicte bèl·lic va ser Tortosa, caiguda en mans dels exèrcits de Felip IV el 1650. I l’ofensiva final de l’exèrcit hispànic es centraria en el setge a Barcelona entre 1650 i 1652. És a dir, Catalunya esdevenia un nou front de guerra dins del conflicte general europeu de la Guerra dels Trenta Anys.
Els anys finals del domini francès sobre Catalunya van caracteritzar-se per la inestabilitat política propiciada per l’esclat de la crisi de la Fronda (1648-1653) que va patir la monarquia de Lluís XIV. Així, la crisi política i social que havia esclatat a França va acabar de desconnectar Catalunya de la cort de París. En aquest context, la manca de trameses de diners per pagar les tropes i la interinitat permanent en la qual es desenvolupava l’administració francesa van combinar-se amb les creixents manifestacions antifranceses i amb l’ofensiva militar hispànica.
A més, la llarga guerra, els persistents allotjaments, les cremes de collites i la manca de braços al camp van significar un retrocés significatiu de la producció agrària i un creixement de la mortalitat. D’aquesta manera, els aliments van començar a escassejar i el malson de la fam va convertir-se en una realitat. I a la guerra i la fam encara es sumaria l’epidèmia de pesta de 1650-1652.
D’altra banda, després de la Pau de Westfàlia de 1648, la recuperació de Catalunya va convertir-se en l’objectiu primordial de la monarquia de Felip IV. I aprofitant-se de la feblesa francesa, els exèrcits hispànics van anar reconquerint implacablement el país. L’agost de 1651 s’iniciava el setge i bloqueig de Barcelona, una llarga batalla de supervivència que els catalans tenien perduda abans de començar. Així, l’11 d’octubre de 1652, Barcelona capitularia davant les tropes de Joan Josep d’Àustria, qui concediria un perdó general del qual s’exceptuaven els dirigents polítics més significatius de la revolta i separació. D’aquesta manera, la major part de Catalunya retornava a l’obediència de la Monarquia Hispànica dels Àustries.
