A mitjans de 1640 les relacions entre les institucions catalanes i la Monarquia Hispànica havien arribat a un punt extremadament crític. Finalment, les disputes polítiques, fiscals, jurídiques i ideològiques que s’arrossegaven des de finals del segle XVI van derivar en una fase de confrontació oberta. Així, amb l’elecció de Pau Claris i Francesc de Tamarit com a diputats, dos homes arrelats amb fermesa a les tradicions catalanes, el conflicte semblava inevitable.
Des del punt de vista de les institucions catalanes, la política del privat de Felip IV, el comte-duc d’Olivares, havia suposat un desastre per a Catalunya. Els greuges es concretaven en: la guerra amb França, el problema de l’allotjament de les tropes, la introducció de noves càrregues fiscals, prejudicis en el món del comerç i la continuada vulneració de les lleis i constitucions catalanes.
Per la seva banda, la Monarquia Hispànica també acumulava greuges contra les institucions catalanes: l’alliberament de Francesc de Tamarit, la mort del virrei i comte de Santa Coloma, la persecució dels funcionaris reials durant el Corpus de Sang, els atacs populars a les tropes reials… Però la Monarquia es mostrava especialment alarmada per la creixent rumorologia que indicava l’inici de negociacions entre França i Catalunya.
Durant els mesos de juny i juliol de 1640, les institucions catalanes, mitjançant memorials, cartes i ambaixades, van demanar reiteradament a Felip IV i Olivares la sortida de les tropes reials de les terres del Principat com a solució per a pacificar el territori. La resposta dels ministres, però, va ser sempre negativa sota la justificació del perill d’una invasió militar francesa i la incapacitat de la Generalitat i el Consell de Cent per a mantenir l’ordre públic a Barcelona i Catalunya.
Tanmateix, Olivares havia comès un greu error polític i estratègic. La doble i simultània pressió sobre les classes dirigents catalanes mitjançant la detenció dels seus representants és sumava a la pressió sobre les classes populars pageses a través de les lleves, els impostos i els allotjaments va desembocar en un rebuig comú a la política reial. D’aquesta manera, amplis sectors de la societat catalana, urbana i rural, convergien en el rebuig a la monarquia de Felip IV i la política del seu privat.
En aquest context, el 12 d’agost de 1640, Felip IV va donar l’ordre que l’exèrcit reial envaís Catalunya amb l’objectiu d’aturar les “alteraciones” i concloure les corts de 1626-1632.
Davant de les notícies arribades des de la cort, el 15 d’agost, Pau Claris va reactivar les negociacions que des del maig les institucions catalanes mantenien amb la França de Lluís XIII i el cardenal Richelieu. Resultava imprescindible trobar un aliat davant de la imminent invasió del Principat. Pels pactes de Ceret del 24 de setembre l’oligarquia catalana i la monarquia francesa arribarien a un primer compromís: l’ajut militar de França concretat en 6.000 infants i 2.000 cavalls pagats per la Generalitat.
El 27 d’agost, Pau Claris va reunir la junta particular dels braços residents a Barcelona, la qual va realitzar una convocatòria de braços generals per “tornar a establir la justícia y donar remey de l’estat de la província”. D’aquesta manera, la Junta General de Braços, inaugurada el 10 de setembre, es convertiria en el poder revolucionari dissident que legitimaria i organitzaria la resistència contra els exèrcits enviats per la Monarquia Hispànica. En ella participaven els representants de la ciutat de Barcelona, la Diputació i les autoritats de localitats amb pes específic a les corts. Com a principal mesura, la Junta creava una junta de guerra i una altra d’hisenda, les quals haurien de ser les encarregades de mobilitzar els homes i els recursos econòmics per a la guerra imminent.
És a dir, la Junta de Braços va legitimar políticament el trencament amb la Monarquia Hispànica de Felip IV, va organitzar la resistència en els seus aspectes militars fiscals i judicials, i va legitimar la política exterior d’aliances militars.
Tanmateix, els plans militars d’Olivares van seguir endavant. El temps de la política donava pas al temps de la guerra. Així, el novembre, un exèrcit de més de 30.000 homes encapçalat per Pedro Fajardo de Zúñiga y Requesens, marquès de los Vélez, cap militar i nou virrei de Catalunya, penetrava a Catalunya per les terres de l’Ebre. Des de la seva base de Tortosa, el nou virrei demanava la total subjecció dels vassalls catalans i acusava la Diputació del General i la Junta de Braços de “diferentes crímenes de Lessa Magestad y de expresa rebelión maquinando […] contra la prosperidad de la Corona”, a la vegada que amenaçava les localitats que col·laboressin amb els rebels a perdre “todos sus fueros, usages, privilegios y sus rentas”.
L’entrada a sang i foc de l’exèrcit castellà en el Principat empenyia definitivament l’oligarquia catalana a l’aliança amb França. I és que davant de l’exèrcit reial, els catalans oferien 8.000 infants i 500 genets a l’espera d’un ajut francès que no s’acabava de complir. En conseqüència, en els primers moments, la invasió castellana va resultar gairebé una passejada triomfal que va portar l’exèrcit reial a les portes de Barcelona.
Sense cap altra alternativa, el 16 de gener de 1641 Catalunya es convertiria en república sota la protecció francesa. Ara bé, l’astúcia política del cardenal Richelieu i els seus agents diplomàtics deixava les autoritats catalanes en una posició total de dependència respecte de França. És a dir, el relat d’una Diputació del General convertida en república independent és més una ficció literària que una realitat política. França era l’única sortida possible per evitar que els exèrcits castellans arrasessin el Principat.
D’aquesta manera, el 23 de gener, sota l’amenaça militar de l’exèrcit filipista que es trobava a punt d’assaltar Barcelona i davant la pressió política francesa, el braços van haver de jurar fidelitat a Lluís XIII, esdevingut nou comte de Barcelona “com en temps de Carlemany”. Certificada l’aliança francocatalana, el 26 de gener es produïa la Batalla de Montjuïc. L’atac desordenat de les tropes castellanes dirigides pel marquès de los Vélez va propiciar la victòria dels defensors francocatalans de Barcelona, els quals van obligar les tropes hispàniques a retirar-se fins a Tarragona. Ara sí, s’iniciava una breu etapa de separació entre Catalunya i la Monarquia Hispànica.
