Durant els vint-i-tres anys de regnat de Felip III, el monarca només va visitar Catalunya en una ocasió, el 1599, després del seu casament amb Margarida d’Àustria. Va presidir les corts, va recollir l’esplèndid donatiu d’un milió de lliures que aquestes li feren i després d’un mes d’estada mai més va tornar. Les dificultats entre Catalunya i la Monarquia Hispànica, desvetllades durant l’etapa final del regnat de Felip II, s’accentuarien en el regnat de Felip III, donant lloc a l’inici de l’anomenada “desnacionalització violenta”.
Les corts de Barcelona de 1599 van ser un intent de recompondre l’entesa entre la corona i l’oligarquia catalana malmesa durant el regnat de Felip II. La generositat reial va traduir-se en diverses constitucions que afermaven la jurisdicció baronial i en un bon nombre de nomenaments nobiliaris. El donatiu de més d’un milió de lliures ofert pels braços a la corona semblava confirmar la imatge de l’acostament entre el rei i Catalunya. Així doncs, els resultats podien considerar-se com a positius pel que feia a les aspiracions catalanes ja que els greuges previs s’havien reparat, si bé només en allò que no afectava directament la jurisdicció reial.
Ara bé, la concòrdia va durar ben poc. La intenció del ministeri del Duc de Lerma d’incloure en el corpus legislatiu que s’havia d’imprimir de les corts una sèrie de constitucions qüestionades per la Diputació del General i els braços va desfermar una important batalla institucional. Una part dels diputats i oïdors no van reconèixer les constitucions pel rebuig als cinc capítols de cort no aprovats per la cort general.
En aquest conflicte s’ha d’incloure l’exigència reial del “quinto” dels ingressos que havien obtingut alguns municipis catalans des de 1599 i que va provocar grans enrenous, en especial a Barcelona. Un altre motiu de descontentament va ser la prohibició als cavallers de l’estament militar de portar pedrenyals i d’altres armes de foc a sobre, mesura relacionada amb la repressió del bandolerisme.
La resistència de les institucions catalanes a fer imprimir les constitucions qüestionades va ser replicada pel monarca apel·lant a l’absolutisme i la resposta del virrei va consistir en la captura i empresonament del diputat i de l’oïdor militar. Finalment, però, va arribar-se a una entesa mitjançant la qual les constitucions van ser impreses amb la resta del corpus legislatiu amb la promesa reial de no ser aplicades fins a la celebració de noves corts. Aquestes corts, però, mai van arribar a celebrar-se ja que Felip III no va tornar a trepitjar el territori català. Era una solució de compromís, un nou tancament en fals del conflicte institucional.
I és que durant el regnat de Felip III va existir una certa apatia de l’autoritat central cap a Catalunya. Per exemple, els problemes amb els inquisidors van ser freqüents. D’altra banda, respecte del nomenament de virreis, en aquest període la tònica va ser l’habitual en els regnats anteriors: gent de fora de Catalunya amb l’excepció de Joan Terés, arquebisbe de Tarragona i virrei de Catalunya entre 1602 i 1603, així com conseller del rei. I el mateix va succeir respecte de la provisió de dignitats.
A les darreries del regnat de Felip III va produir-se el divorci entre el poder central i les institucions catalanes. I les friccions apareixerien per les necessitats econòmiques de la corona. La monarquia va decidir-se a assumir el control de les finances catalanes ja que des de la cort no s’entenia que mentre que Castella es trobava esgotada financerament com a sostenidora de la política imperial, Catalunya només realitzés contribucions voluntàries a la monarquia emparant-se en les constitucions i els privilegis. El camí cap a l’intent d’introduir l’absolutisme va començar a dibuixar-se. Ara bé, l’enfrontament directe arribaria en temps del regnat de Felip IV.
