Felip II mai va ser el campió de la Contrareforma catòlica a Europa. Mai va ser un autèntic continuador de la política religiosa de Carles V. En realitat, el veritable objectiu de la política exterior del martillo de herejes era, fonamentalment, la conservació íntegra del patrimoni de la Monarquia Hispànica. En aquest sentit, podem parlar d’una estratègia imperial prioritària, política que molts cops es justificaria mitjançant l’argument polític, militar religiós i ideològic. Tot plegat sempre subordinat a l’objectiu prioritari: el manteniment del domini territorial, el patrimoni del rei.

En el cas dels Països Baixos, aquests no van existir com a unitat política fins a mitjans del segle XVI. Es tractava de disset províncies independents però sota l’autoritat d’un mateix príncep, però cadascun d’aquests territoris comptava amb assemblees representatives pròpies. Com a conseqüència de l’herència borgonyona, l’emperador Carles V va convertir-se en el sobirà del territori, el qual passaria a formar part del patrimoni dels reis de la Monarquia Hispànica. Seria durant el regnat de Carles V quan s’articularien les primeres institucions comunes per a les disset províncies (Consell d’Estat, Consell Privat, Consell d’Hisenda i Estats Generals).

D’aquesta manera, des del segle XVI, Flandes va convertir-se en una base militar utilitzada per la Monarquia Hispànica per a mantenir l’hegemonia a Europa i desenvolupar la seva política catòlica i antifrancesa. Però el preu de l’aventura imperial va ser massa alt per al territori: dues terceres parts dels impostos municipals van destinar-se al manteniment de la política europea dels Àustria. En paral·lel al descontentament per la política econòmica del monarca, el protestantisme va trobar un territori ideal per a desenvolupar-se.

La unió entre els Països Baixos i la Monarquia Hispànica era artificial. Si bé Carles V va ser considerat per l’oligarquia flamenca com el seu senyor natural, Felip II ja va ser una altra cosa. Aquest era un rei castellà, llunyà i rodejat de consellers procedents de la Península. La seva figura aviat provocaria el rebuig dels flamencs. Aleshores, per què Flandes va ser incorporat al patrimoni hispànic per Carles V, si aquest era conscient dels problemes que això derivaria? Pel seu posicionament estratègic. Clau del tràfic mercantil europeu, aquest territori era essencial per al comerç internacional de Castella.

El 1559, el rei va nomenar la seva germana natural, la duquessa Margarida de Parma, com a governadora del territori. En paral·lel, la intransigència de Felip II en la repressió del protestantisme va incrementar-se. L’objectiu del monarca era establir un nou marc eclesiàstic que restés poder al clergat tradicional flamenc i permetés la introducció de la Inquisició. Però aquesta política repressiva va fracassar i el calvinisme va avançar des de les institucions gremials i els governs municipals. I quan a la repressió catòlica van sumar-se problemes econòmics (males collites, increment del preu del blat, crisi de la indústria drapera) esdevinguts crisi de subsistències, la revolta va esclatar. Era un conflicte sense sortida.

D’aquesta manera, els incidents van iniciar-se el 1565, fonamentalment motins de subsistències. L’any següent, aprofitant la conjuntura, el príncep Guillem d’Orange va encapçalar una revolta nobiliària contra Felip II tot demanant la derogació dels edictes contra l’heretgia protestant i la introducció de la llibertat de consciència. Felip II, malgrat els consells de la governadora, va optar per la repressió, confiada a Fernando Álvarez de Toledo, duc d’Alba (1567-73), qui va formar un poderós exèrcit per controlar Flandes. Igualment, Felip II va crear el Tribunal dels Tumults, encarregat de la repressió del protestantisme: 1.200 persones van ser executades.

La política de repressió, però, no va ser efectiva, sinó que va augmentar els greuges de la població. Així, la rebel·lió va rebrotar el 1572 quan Orange va aconseguir el suport d’Anglaterra i els hugonots francesos. Frísia, Drenthe, Holanda i Zelanda van ser conquerides pels rebels. El duc d’Alba es trobava davant d’un enemic ben organitzat i que dominava un nombre important de places fortes fortificades.

Aleshores Felip II va optar per canviar d’estratègia i practicar una política de reconciliació amb el nomenament de Lluís de Requesens (1573-76) com a governador en substitució d’Alba. Però la política conciliadora (amnistia, supressió del Tribunal dels Tumults, rebaixa dels impostos) arribava massa tard i la resistència no va entregar les armes. Les derrotes dels terços espanyols, indisciplinats pels endarreriments en el cobraments de les soldades, van anar succeint-se.

A la mort de , els soldats espanyols van protagonitzar el saqueig d’Anvers (1576), fet que va provocar que la revolta definitivament es generalitzés a totes les províncies, amb l’excepció de Luxemburg. El nou governador, Joan d’Àustria (1576-78) va veure’s obligat a acceptar la Pacificació de Gant, un acord que consagrava la unió dels Països Baixos, la sortida de les tropes hispàniques i la introducció de la llibertat religiosa.

La lluita va reiniciar-se el 1577, ara amb el suport declarat de França als rebels flamencs. Però la mort de Joan d’Àustria i el nomenament d’Alexandre de Parma (1578-92) com a governador va permetre un gir a la situació: el duc farnesià va saber atreure la noblesa del sud, amb acatament de l’autoritat del sobirà castellà mitjançant la Unió d’Arràs (1579). Estem davant de l’autèntica acta fundacional de la Bèlgica moderna.

En canvi, les províncies protestants del nord, sota el comandament de Guillem d’Orange, signaven la Unió d’Utrecht (1579), base de la futura Holanda. La independència de les províncies del nord era un fet consumat perquè Felip II va rebutjar qualsevol possibilitat de negociació amb els rebels: la fórmula d’un rei, una fe, una llei no podia trencar-se. El 1581, el duc d’Anjou era investit com a nou sobirà dels Països Baixos independents, mentre que Guillem d’Orange es convertia en el nou comte sobirà d’Holanda i Zelanda. La situació va evolucionar fins a la formació d’una federació d’Estats de les set províncies emancipades: la República de les Províncies Unides.

D’aquesta manera, el dualisme catòlic/protestant existent als Països Baixos convertiria la lluita per la independència del nord en una guerra civil, en la qual els protestants rebrien l’ajuda de francesos i anglesos, enemics de l’hegemonia hispànica. Malgrat els èxits militars del duc de Parma, el fracàs de l’Armada Invencible (1588) i les dues expedicions a França en ajuda de la Lliga Catòlica (1590 i 1591-92) impedirien la pacificació total dels Països Baixos.

Després dels curts governs de Peter Ernst von Mansfeld (1592-94), de l’arxiduc Ernest d’Àustria (1594-95) i del comte de Fuentes de Valdepero (1595-97), Felip II, amb una monarquia esgotada i escanyada financerament després de trenta anys de guerra, va cedir la sobirania dels Països Baixos a la seva filla Isabel i al seu gendre, l’arxiduc Albert, amb la condició que aquelles terres tornessin a la corona castellana en el cas que els arxiducs morissin sense descendència, cosa que succeiria el 1621. En qualsevol cas, s’havia demostrat que l’Imperi de Felip II es trobava en una situació de feblesa total.