Don Carlos, el príncep Carles d’Àustria, el fill primogènit de Felip II i de Maria de Portugal, esdevé un personatge clau per entendre algunes de les accions de Felip II en l’ordre de la política interior. Orfe de mare des del seu naixement, el 22 de febrer de 1560 es convertiria en l’hereu al tron de la Monarquia Hispànica després de jurar com a príncep d’Astúries a la ciutat imperial de Toledo. Comptava amb catorze anys i el seu pare, concentrat com estava en el seu paper de príncep del catolicisme europeu, no l’havia vist créixer. Deforme, malaltís i certament desequilibrat, Carles demostrava una profunda aversió pel seu pare.
El príncep, cada cop més desequilibrat, va convertir-se aviat en un fort maldecap per a Felip II. L’abril de 1562, Don Carlos va sofrir un greu accident en caure per unes escales quan perseguia a la filla del porter del palau dels arquebisbes de Toledo. L’hereu va caure en un estat de coma, va haver de ser operat d’urgència i, quan ja se’l donava per mort, va aconseguir sobreviure. Aquesta supervivència miraculosa marcaria l’inici del deteriorament definitiu de les relacions entre pare i fill ja que els problemes mentals del príncep no van fer més que agreujar-se.
Recuperat de l’accident, i en un intent infructuós perquè Carles prengués contacte amb el govern de la nació, Felip II va nomenar-lo president del Consell d’Estat i va fer-se acompanyar a Barcelona pel príncep. Fins i tot va plantejar-se la possibilitat d’encarregar-li el govern dels Països Baixos. Però tot plegat va ser un intent inútil d’incorporar Carles a la vida política. El príncep cada dia que passava es mostrava més irracional i excèntric en el seu comportament, incapaç per exercir tasques de govern.
El 19 de gener de 1568 es produiria el fet que trasbalsaria definitivament la vida política de la cort: el príncep Carles era empresonat a l’Alcàsser de Madrid per una comitiva encapçalada pel mateix Felip II. Tots els papers que tenia en les seves estances van ser requisats. Tot indicava que el príncep, enfurismat pel seu bandejament en les qüestions de govern, projectava una fugida als Països Baixos, tot i que no ha estat provat que tingués contactes directes amb els rebels flamencs.
S’ha especulat amb la seva relació amb els prínceps holandesos Egmont i Hornes i s’explica que Carles va explotar de còlera en públic quan el duc d’Alba era nomenat governador dels Països Baixos, càrrec que creia merèixer. D’aquesta manera, Don Carlos hauria preparat un pla per convertir-se en el cap d’una rebel·lió contra el seu pare. Però el seu pla va arribar a Felip II per la denúncia de Juan José d’Àustria.
Tampoc podem descartar que l’empresonament simplement fos degut al deteriorament del seu estat psíquic i als excessos comesos. I fins i tot existeix una versió rosa de l’afer segons la qual el príncep hauria tingut una aventura amorosa amb Isabel de Valois, l’esposa de Felip II, que hauria enfurismat el rei i precipitat la seva detenció.
L’empresonament del príncep va suposar l’esclat d’un escàndol que va provocar una forta oposició, fins al punt que els estats catalanoaragonesos van trametre ambaixadors al rei per conèixer de primera mà la realitat de l’empresonament. L’actitud del rei va ser fortament qüestionada, tant en els regnes de la monarquia com a l’exterior. Hi ha autors que consideren que aquest seria el naixement de la famosa llegenda negra hispànica. En qualsevol cas, la realitat és que les desavinences públiques entre pare i fill van convertir-se en un greu perill per a la monarquia i era necessari evitar que el príncep pogués fugir del país.
Pocs mesos després de l’empresonament, el 24 de juliol de 1568, el príncep Don Carlos moria aïllat a les seves estances on es trobava tancat sense rebre correspondència i amb una limitada comunicació amb el món exterior. En aquestes circumstàncies, la pregunta resulta obligada: mort natural o assassinat? La qüestió va convertir-se en una de les peces claus de la propaganda ideològica antiaustríaca del període, convertint a Felip II en un assassí que no va dubtar a l’hora de desfer-se del seu fill.
Existeixen diverses versions sobre la mort del príncep. La historiografia recent generalment descarta que Felip II ordenés l’assassinat del seu fill, en especial perquè, tenint en compte el precedent de Joana la Boja, l’estat mental del príncep hauria estat suficient per apartar-lo dels drets successoris i les funcions de govern. Així, donada la debilitat física de Carles, la versió més versemblant és aquella que ens indica que les condicions del captiveri haurien delmat la seva pobra salut fins a portar-lo a la mort. És més, la versió més acceptada és que el príncep va suïcidar-se en negar-se a ingerir cap aliment.
L’empresonament i mort del príncep Don Carlos van convertir-se en un afer d’Estat, un fantasma que acompanyaria Felip II fins a la seva mort. El rei havia perdut l’hereu, però també un fill al qual mai va oblidar.
