Respecte a Catalunya, el regnat de Felip II (1556-1598) va significar, des de bon començament, un tomb important en les relacions que havien mantingut la monarquia i el Principat, especialment agreujat a partir de l’esclat de les Guerres de Religió franceses. És en aquest moment quan va iniciar-se el que Ferran Soldevila va qualificar com la “desnacionalització pacífica” del Principat. Així, el regnat de Felip II a Catalunya es va caracteritzar pels enfrontaments entre els representants de l’autoritat del rei i les institucions que defensaven les lleis i els privilegis de Catalunya. Ara bé, cal tenir present que, en la primera etapa del regnat, la col·laboració entre els catalans i Felip II va ser evident.
En concret, hi ha dos moments en els quals la col·laboració entre la monarquia i el Principat es reforcen de forma destacada: la rebel·lió dels morescos de Granada i la guerra contra els turcs al Mediterrani.
Respecte de l’alçament moresc de les Alpujarras de Granada de 1568, tenim constància documental de que les tropes vencedores van estar nodrides, en part considerable, per catalans. D’aquesta presència podríem deduir que la col·laboració entre la Monarquia Hispànica dels Àustries i Catalunya millorava en el terreny dels afers polítics estatals. Però, per què s’haurien implicat els catalans en un afer relativament llunyà com el dels morescos? Perquè l’alçament va fer témer que s’establissin connexions entre els rebels i els turcs que assolaven la Mediterrània i que havien posaven en perill les costes catalanes i el comerç en un temps de redreçament econòmic.
D’altra banda, els catalans també van tenir protagonisme en la Batalla de Lepant de 1571 contra l’Imperi Turc. Les tropes de la coalició entre la Monarquia Hispànica, Venècia i el Papat estaven comandades per Joan d’Àustria, però el dirigent efectiu dels estols cristians va ser el lloctinent Lluís de Requesens (que ja havia participat en la repressió dels morescos a les Alpujarras), ajudat per Joan de Cardona i molts d’altres catalans. És en aquest sentit que em d’interpretar la construcció d’unes noves drassanes a Barcelona cap a finals del segle XVI. Tanmateix, el projecte d’una gran marina mediterrània aviat s’esvairia en favor de l’impuls del comerç americà.
Igualment, el citat Lluís de Requesens va exercir un paper destacat en el conflicte dels Països Baixos. Va substituir el duc d’Alba com a governador del territori i va exercir una política moderada: amnistia general (1574), supressió del tribunal dels Tumults i abolició dels imposts sobre vendes. Tanmateix, no va aconseguir la pacificació del territori. En qualsevol cas, el fet remarcable és que els prohoms catalans van recuperar part del protagonisme perdut en el regnat de Carles V. Només una part, perquè la majoria dels virreis que van governar el Principat van procedir de la noblesa castellana: Francesc de Montcada i Folc de Cardona, marquès d’Aitona, va ser l’únic virrei català (1580-1581).
En qualsevol cas, el conflicte amb Felip II va arribar per la via institucional ja que les diferències entre la monarquia i les institucions representatives de Catalunya van augmentar significativament en aquest període. Ja durant les Corts de 1563-1564, les primeres que Felip II va convocar com a rei a Catalunya, hi va haver enfrontaments entre grups partidaris de la política del rei i grups contraris. El conflicte de fons era un problema de jurisdiccions: la monarquia autoritària contra les institucions d’origen medieval que es resistien a l’increment de les prerrogatives reials. Res de nou.
Ara bé, el conflicte, la mal anomenada “desnacionalització pacífica”, va esclatar el 1568. Aquell any va impermeabilitzar-se la frontera amb França per aturar l’expansionisme del protestantisme en el context de les Guerres de Religió franceses. En defensa de l’ortodòxia religiosa catòlica, Felip II va impedir l’entrada de llibres francesos, va prohibir els estudis a l’estranger i va donar amplis poders a la Inquisició per actuar a Catalunya amb l’objectiu d’impedir la difusió de les doctrines calvinistes. En aquest sentit, Felip II no va respectar les lleis catalanes en eximir els oficials del Sant Ofici de pagar alguns drets a la Diputació del General.
Més conflictes. El 1569, Felip II va ordenar detenir els diputats de la Diputació del General per haver-se negat a pagar l’excusat, un impost atorgat pel papa a la Monarquia Hispànica i amb el qual el rei buscava obtenir recursos econòmics per finançar la seva política imperial. El conflicte de jurisdiccions s’agreujava. I només es tancaria en fals en la cort general de Montsó de 1585.
I una nova crisi va produir-se el 1588 amb la detenció de Joan de Queralt, diputat de la Generalitat entre 1584 i 1587, acusat de venda d’oficis, insaculació de menors d’edat, acceptació de suborns en la concessió de llicències i de fer desaparèixer actes de les Corts de 1585. Peó de la monarquia a Catalunya, Queralt va ser sotmès a interrogatori, però l’Audiència va demanar el seu alliberament. La resposta dels diputats va ser fortificar-se en el Palau del General. La solució, un tancament en fals del conflicte, va ser la condemna de Queralt a pagar 13.000 lliures per frau.
Però el gran conflicte entre la monarquia de Felip II i les institucions catalanes va ser l’afer Granollacs. Tot va començar el 1589, quan la monarquia va procedir a unes detencions considerades irregulars per la Diputació del General. Aquesta vegada, però, la solució al conflicte de jurisdiccions no va ser una sortida pactada. Així, el 1591, per ordre del virrei, Pere Lluís Galceran de Borja i de Castre-Pinós, es va intentar detenir Joan de Granollacs, diputat de la Generalitat pel braç militar i germà dels dos detinguts, el qual va escapar i va trobar refugi al Palau de la Generalitat.
La lloctinència i la Diputació del General entraven en un conflicte polític de gran envergadura. I el context no era gens favorable per a la Generalitat: a Saragossa l’afer Antonio Pérez es trobava en el seu punt més àlgid i la repressió reial començava a fer-se evident amb l’execució de Joan de Lanuza. D’aquesta manera, en part per por a l’extensió de les agitacions aragoneses i en part per les imbricacions de la xarxa clientelar i de poder de la monarquia, una part dels diputats, fonamentalment el braç eclesiàstic, van buscar una sortida negociada. Finalment, Granollacs i els seus van haver d’exiliar-se.
