Després de dècades de lluita, Carles V era un home malalt, desil·lusionat i envellit. L’imperi universal havia perdut la batalla dels símbols en favor dels Estats nacionals i aquesta derrota va portar l’emperador a un gest altiu: l’abdicació. Havia arribat el moment de plantejar el traspàs del poder. I millor fer-ho en vida que arriscar-se a una nova guerra. En conseqüència, el gener de 1548 l’emperador va redactar el seu testament polític adreçat al seu fill Felip. El 1550 va començar a dictar les seves memòries i cinc anys després va considerar que havia arribat el moment de retirar-se.
D’aquesta manera, el 25 d’octubre de 1555, en un acte solemne davant dels Estats Generals de Brussel·les, després de rememorar la seva trajectòria vital en un discurs que va fer-li saltar les llàgrimes, Carles V renunciava a la sobirania dels Països Baixos, que anaven a parar a les mans de Felip II. Igualment, designava a Felip II com a successor en els regnes de la Monarquia Hispànica i al seu germà Ferran com a successor en la dignitat imperial del Sacre Imperi Romanogermànic.
Era un marc simbòlic, el mateix en el qual havia rebut quaranta anys abans el seu nomenament com a hereu del ducat de Borgonya i dels regnes de Castella i Aragó. L’emperador vestia de negre, un homenatge a Felip el Bo. Filibert de Savoia, president del Consell de Flandes, va exposar les raons formals de l’abdicació de l’emperador. A continuació, Carles V va prendre la paraula. Seria el seu darrer discurs públic i l’havia preparat minuciosament. L’emperador va repassar la seva vida, els seus viatges i va fer una encesa defensa de la fe cristiana:
Nueve veces fui a Alemania la Alta; seis he pasado en España, siete en Italia, diez he venido aquí a Flandes, cuatro en tiempo de paz y de guerra he estado en Francia; dos en Inglaterra; otras dos contra África, las cuales todas son cuarenta, sin otros caminos de menos cuenta que por visitar mis tierras tengo hechos […] la mitad del tiempo tuve grandes y peligrosas guerras, de las cuales puedo decir con verdad que las hice más por fuerza y contra mi voluntad que buscándolas, no dando ocasión para ellas […] y a todos es notorio que yo ya no puedo entender en estas cosas sin grandísimo trabajo mío y pérdida de los negocios, pues los cuidados que tan gran carga pide, el sudor y trabajo, mis enfermedades y quiebra grandísima de salud me acabarían en punto, pues aún a los muy sanos y descansados bastarían a fatigar y el sólo mal de la gota consume y acaba.
Sé que para gobernar y administrar estos estados y los demás que Dios me dio ya no tengo fuerzas, y las pocas que han quedado se han de acabar presto […] Por tanto, estoy determinado de pasar luego a España y dar a mi hijo Felipe la posesión de esos Estados y a mi hermano el rey de romanos el Imperio. Encomiéndoos mucho mi hijo y os pido por amor de mí, que tengáis con él el amor que a mí siempre […] Y principalmente, habéis de mirar y guardaros no dañen ni infeccionen la pureza de vuestra fe las novedades y herejías de las provincias vecinas.
Tres mesos després, el 16 de gener de 1556, entregaria al seu secretari l’abdicació de tots els dominis hispànics, tant a Europa com al Nou Món. La renúncia, seguint la lògica de la monarquia composta, es va realitzar mitjançant tres documents. Un document per la Corona de Castella (incloent-hi Navarra i el Nou Món), un document per a la Corona d’Aragó (incloent-hi Sardenya) i un document per a la Corona de Sicília.
Restava l’Imperi. La dignitat imperial per la qual tant havia lluitat. El setembre de 1556 va signar la renúncia en favor del seu germà Ferran, però aquest no va ser reconegut pels electors alemanys fins el febrer de 1558.
D’aquesta manera, el febrer de 1556, Carles V va retornar a la Península Ibèrica. S’instal·laria al monestir de Yuste, en un tranquil i remot racó d’Extremadura en el qual passaria els darrers mesos de la seva vida. El monestir, aixecat per l’Ordre dels Jerònims a inicis del segle XV, seria el lloc escollit per la retirada. Una modesta residència en la qual l’acompanyaria una petita cort i desenvoluparia una vida austera. Uns pocs llibres, algunes obres d’art i records personals d’una intensa vida serien els seus companys. La deteriorada salut no impediria, però, que el vell emperador mantingués les seves generoses costums a l’hora de menjar i beure, l’únic aspecte en el qual no va mostrar mai austeritat. Moriria el 21 de setembre de 1558.
