Els inicis de la Guerra de la Independència o Guerra del Francès cal situar-los en els acords del Tractat de Fontainebleau de 1807, segons els quals Espanya i França es repartien Portugal. Aquest fet va justificar l’entrada de les forces napoleòniques a la Península, però en realitat aquest moviment militar no era més que un pretext: l’Imperi Napoleònic el que realment volia era la incorporació de la monarquia espanyola, tal com estava fent arreu d’Europa, per tal de controlar el país i les colònies americanes.

Les primeres forces franceses van entrar a Catalunya el 9 de febrer de 1808. I amb la seva entrada va iniciar-se la resistència. Inicialment, aquesta resistència va organitzar-se d’una manera més o menys eficaç, fins al punt que les tropes patriòtiques van aturar els francesos (1808-1809) i Napoleó va veure’s obligat a intervenir personalment. Com a resultat, va entrar a Catalunya un nou cos de l’exèrcit francès i va iniciar-se el setge de la ciutat de Girona (maig a desembre de 1809). Amb la caiguda de Girona va començar l’autèntica conquesta de Catalunya, esglaonada per les preses de Lleida (1810), Tortosa (1811) i Tarragona (1811). Paral·lelament al domini territorial napoleònic, la guerrilla i la resistència patriòtica van començar a prendre importància, actuant sovint de forma conjunta amb l’exèrcit regular espanyol i anglès.

A finals de 1811 es pot considerar acabada l’ocupació francesa. A partir d’aquest moment, malgrat que des de 1812 la conjuntura bèl·lica europea evolucionaria desfavorablement pels interessos de Napoleó, i fins els darrers mesos d’ocupació del Principat, cap a 1814, el domini francès sobre Catalunya va ser força intens. Tanmateix, l’activitat resistent de la guerrilla va continuar la seva acció, arribant a controlar alguns territoris. D’aquesta manera, Catalunya va ser la zona d’Espanya que més temps va restar sota el control dels ocupants francesos. Fins al punt que el general Hebert va mantenir-se a Barcelona fins després de la caiguda de Napoleó i la capital catalana no seria alliberada fins el 28 de maig de 1814.

En els inicis de la guerra, el règim d’ocupació militar francès tenia com a única finalitat obtenir els recursos necessaris per al manteniment de l’exèrcit imperial i per a la continuïtat de la guerra. Però això aviat canviaria per donar pas a l’annexió del Principat. Així, a mesura que van succeir-se els esdeveniments, especialment des de 1810, els francesos van iniciar una política d’atracció vers els catalans –l’ús del català en les comunicacions oficials, per exemple–. En general, l’Imperi va seguir una política d’afrancesament progressiu amb l’objectiu de facilitar-se l’annexió de Catalunya.

El 12 de gener de 1812, un cop l’exèrcit francès va dominar tot el territori català, Napoleó va ordenar l’annexió de Catalunya a l’Imperi. Es van crear quatre departaments (Ter amb capital a Girona, Segre amb capital a Puigcerdà, Montserrat amb capital a Barcelona i Boques de l’Ebre amb capital a Lleida). L’administració de la Catalunya integrada en l’Imperi depenia de dos intendents i quatre prefectes o caps de departament. Catalunya esdevenia així una província francesa de fet, encara que no fos de dret, però la precarietat de l’assentament francès va impedir la consolidació del sistema.

Una allau de funcionaris es va traslladar a Catalunya per organitzar el país segons el model francès. Els nous funcionaris van intentar impulsar una sèrie de reformes i millores en el camp fiscal, jurídic i administratiu, com també en les obres públiques. Els canvis polítics i administratius que va introduir el règim napoleònic a Catalunya, però, van ser intranscendents ja que van quedar en reformes de “paper” que no van poder aplicar-se perquè els francesos no ocupaven eficaçment el territori i la davallada militar francesa va fer que, des de 1813, es tornés a viure sota un règim militar com en els primers anys de l’ocupació.