Un dels elements més polèmics de la Guerra Civil espanyola va ser el paper de l’Església. Si bé, ja des d’un primer moment, l’episcopat espanyol va adherir-se a l’alçament pràcticament en bloc, el Vaticà només s’hi sumaria parcialment i amb reserves. Públicament, semblava que les relacions entre Franco i el Vaticà eren òptimes, però, com ha demostrat Hilari Raguer, la documentació secreta revela grans tensions. Ara bé, la propaganda republicana, que desconeixia les tensions, i la nacional, que les silencia, van coincidir a identificar la Santa Seu amb els insurrectes.

El cardenal Isidre Gomà, cardenal primat d’Espanya en el moment de l’esclat de la guerra, va ser decisiu en el reconeixement del franquisme per part del Vaticà, proporcionant a Roma documentació com aquest Informe acerca del levantamiento cívico-militar de España en julio de 1936 adreçat al cardenal Pacelli (el futur papa Pius XII), l’agost de 1936, on Gomà realitza una aferrissada defensa de l’alçament militar recolzant-se en la hipòtesi d’un cop comunista que mai es va produir:

Génesis del alzamiento. La labor desdichada de la República en el orden religioso, civil y económico, durante el bienio 1931-1933, dio sin duda origen al levantamiento del 10 de agosto de 1932, que fracasó por la falta de unión entre el elemento militar. Los dos años de colaboración radical-derechista, 1933-1935, fueron un sedante y una esperanza para el vejado espíritu. Toda esperanza de solución pacífica de la lucha entablada en el fondo de la conciencia nacional se frustró con el nuevo advenimiento del gobierno Azaña.

La forma de las elecciones de febrero último, sobre las que ya tuve el honor de informar a la Santa Sede; las coacciones gubernamentales para lograr una mayoría artificial, con manifiesto vejamen de los partidos de centro-derecha; la prosecución, especialmente, de la labor legislativa del bienio primero; la falta absoluta de autoridad, o mejor, la complicidad del Gobierno con las bandas de malhechores que tenían perturbado profundamente el orden público, sin garantía ninguna para personas, cosas y derechos, produjo la tensión enorme del sentido patriótico y religioso que culminó a raíz del asesinato del Sr. Calvo Sotelo, el más caracterizado y valeroso de los derechistas.

El triste hecho que privó a España de los servicios que podía prestarle el gran estadista [sic] hizo que se acelerara el estallido del alzamiento militar, preparado hacía semanas. Fue providencial, porque es cosa comprobada, por documentos que obran en poder de los insurgentes, que el 20 de julio último debía estallar el movimiento comunista, para el cual se habían pertrechado con fuertes elementos de guerra las ciudades y pueblos de alguna importancia. Será sensacional la publicación de los proyectos que debía llevarse a cabo así que triunfara el régimen comunista. A más de la destrucción o incautación de todo lo de la Iglesia, una verdadera “checa”, indicada en las listas negras que obran hoy, muchas de ellas en poder de los insurgentes, debía aniquilar, en un momento dado y en cada localidad, las vidas de los más conspicuos de derechas, empezando por los sacerdotes.

Su naturaleza o carácter. En conjunto puede decirse que el Movimiento es una fuerte protesta de la conciencia nacional y del sentimiento patrio contra la legislación y procedimiento de gobierno de este último quinquenio, que paso a paso llevaron a España al borde del abismo marxista y comunista.

Pero no puede precisarse el móvil que ha impulsado a cada uno de los directores del Movimiento. Unos se mueven, sin duda, por el ideal religioso al ver profundamente herida su conciencia católica por las leyes sectarias y laicizantes y por las desenfrenadas persecuciones; otros, por ver amenazados sus intereses materiales por un posible régimen comunista; muchos, por el anhelo de una paz social justa y por el restablecimiento del orden material profundamente perturbado; otros, por el sentimiento de unidad nacional amenazado por las tendencias separatistas de algunas regiones.

Cierto que, como en la civilización cristiana están salvaguardados todos esos intereses, aun los de orden material y temporal, los dirigentes del Movimiento, según se desprende de sus proclamas y arengas, propenden a la instauración de un régimen de defensa de la civilización cristiana.

Pero es muy de lamentar que, según manifestaciones que acaba de hacerme una de las figuras más destacadas y más católicas del Movimiento, no se haya concretado previamente en sus líneas generales la forma que habrá de tener el Nuevo Estado español, caso de triunfar el Movimiento. Ello podría malograr en parte la victoria y causar descontento en su día a grandes núcleos que han ofrendado su vida y derramado su sangre primero y ante todo por la defensa de la religión.

Es muy diversa la ideología de los dirigentes del Movimiento y corre desde la de algunos militares de alta graduación que no se hallarían mal con una República laicizante, pero de orden, hasta la de algunos otros que combaten con la imagen del Corazón de Jesús en el pecho y que quisieran una monarquía con unidad católica, como en los mejores tiempos de los Austrias.

De hecho y en reuniones previas de los dirigentes, para no malograr el germen del Movimiento, se han debido eliminar del programa común cuestiones fundamentales que deberán forzosamente plantearse así que triunfara el Movimiento. Entre los puntos tratados han sido el de los colores de la bandera –la tricolor ha sido el símbolo de la República–, el del régimen corporativo y el de las relaciones del Estado con la Iglesia. Esto último ha quedado así en el programa común: “Separación de la Iglesia y el Estado”. Falta ver el alcance que se daría a esta proposición.

Posteriorment, el juliol de 1937, els bisbes espanyols van donar a conèixer una carta pastoral col·lectiva on es mostraven a favor dels sublevats. Seria el mes d’octubre, un cop la sort de les armes ja indicava una futura victòria militar, quan el franquisme va rebre finalment el reconeixement diplomàtic per part del Vaticà. D’aquesta manera, el règim franquista va guanyar-se el suport de l’Església, que es convertiria en un element omnipresent en el Nou Estat que s’estava configurant.