Després de la victòria franquista a la Batalla de l’Ebre, Franco estava disposat a portar endavant l’assalt definitiu contra Catalunya i, a partir del 13 de desembre de 1938, esgotada la capacitat de resistència dels exèrcits republicans, va iniciar l’ocupació definitiva del Principat. La conquesta de Catalunya va fer-se efectiva en relativament poques setmanes tot i la resistència desesperada dels republicans que van mobilitzar tota la població major de 45 anys per a la defensa.
Tarragona va caure el dia 15 i Barcelona va ser ocupada el 26 de gener de 1939 donant lloc a la fugida de població civil, polítics, funcionaris i tropes. Amb la caiguda de Girona, el 4 de febrer, va intensificar-se l’èxode cap a l’exili francès de milers de fugitius republicans, entre ells el president Lluís Companys i els membres del govern de la Generalitat, així com el president Azaña i el cap de govern Negrín amb la resta de membres del govern de la República i el govern basc. El 9 de febrer els exèrcits nacionals ja havien arribat a la frontera francesa posant fi a la guerra en territori català.
Amb la caiguda de Catalunya la guerra estava pràcticament perduda per la República, que només comptava amb una part de la zona centre (Madrid, la Manxa) i que només tenia accés al mar per la Mediterrània (València i Almeria). A més, la pèrdua del Principat va suposar un cop molt dur per a la moral dels exèrcits republicans.
A principis de març a Madrid, va crear-se una Junta de Defensa dirigida pel coronel Segismundo Casado que va fer-se amb el poder amb el suport del socialista Besteiro i de les milícies anarquistes comandades per Cipriano Mera. La seva intenció era lliurar la capital a canvi de negociar la pau amb Franco, amb qui feia mesos que mantenia contactes a través dels serveis d’espionatge. Aquesta intenció xocava frontalment amb la política de resistència armada fins a les últimes conseqüències que havien promogut el president Juan Negrín, retornat de França, i els comunistes.

Així, a principis de març de 1939, la constitució de la Junta de Defensa de Madrid va representar un trist epíleg per a les desavinences polítiques que havien marcat la història de l’Espanya republicana, tot iniciant-se un breu conflicte entre els republicans en el si de la Guerra Civil. Les milícies comunistes van aixecar-se contra la Junta de Casado donant lloc a enfrontaments armats a Madrid i Ciudad Real.
Arribats a aquestes alçades del conflicte, i amb la victòria a tocar, Franco no tenia cap motiu per acceptar l’oferta negociadora de la Junta de Casado. El caudillo només acceptaria una rendició sense condicions i va obligar els defensors de Madrid a lliurar les armes. Així, el 28 de març, les tropes franquistes van entrar a Madrid sense trobar cap resistència. Posteriorment, el 29 de març les tropes franquistes van entrar a València i, sense gaire oposició, van iniciar l’ocupació de la resta de territoris que resistien a la zona mediterrània.
A continuació, l’1 d’abril de 1939, Franco proclamava el final de la Guerra Civil amb la victòria del bàndol nacional. S’inaugurava una dictadura implacable que governaria Espanya durant quasi quaranta anys.