Fracassat el cop d’Estat del 18 de juliol, entre els revoltats va plantejar-se el problema del fraccionament del poder, tant des del punt de vista polític com des del militar. A més, la mort accidental a Lisboa, el 20 de juliol, del general Sanjurjo, considerat com el militar cridat a encapçalar el moviment colpista, agreujava encara més el problema del lideratge militar i del govern en la zona controlada pels insurrectes.
Políticament, les organitzacions que col·laboraven amb els insurrectes representaven corrents polítics molt diferents: monàrquics, antics militants de la CEDA, carlins i falangistes, els quals buscaven augmentar la seva influència a costa dels militars. Però, de fet, només la Falange va veure incrementar de forma vertiginosa la seva militància durant els primers mesos de la guerra.

Militarment, entre els insurrectes tampoc hi havia un comandament militar únic: Mola tenia tot el control del nord peninsular; Franco del Marroc i les Canàries; i Queipo de Llano d’Andalusia. Va ser després de la creació, el 24 de juliol, d’una Junta de Defensa Nacional a Burgos, presidida pel veterà general Miguel Cabanellas, quan va donar-se el primer pas cap a la centralització del poder militar. La Junta estava integrada per militars, però no tenia atribucions en la direcció de la guerra, i s’encarregava únicament de governar el territori ocupat.
Les primeres mesures que va prendre la Junta van ser la prohibició de l’activitat de tots els partits polítics i els sindicats, la suspensió de la Constitució de 1931 i la paralització de la reforma agrària mentre que les terres que s’havien expropiat per part dels governs republicans van ser retornades als seus propietaris. Aquesta institucionalització del ordre dels insurrectes va anar acompanyat per la forta i sagnant repressió de qualsevol intent de resistència.
Durant els mesos d’agost i setembre de 1936, la necessitat d’un comandament militar únic va esdevenir una urgència pels revoltats. Així, a les darreries de setembre, una reunió de la Junta de Burgos va decidir la creació d’un comandament militar únic, el qual, a proposta del general Kindelán, seria presidit per Franco com a comandant en cap. Prèviament, Franco havia consolidat el seu lideratge dins de l’exèrcit després de l’alliberament de l’Alcázar de Toledo i, especialment, pel fet que Hitler i Mussolini el reconeguessin com a únic interlocutor en les negociacions entre els totalitarismes i els insurrectes.

És així com, a partir de l’1 d’octubre, mitjançant un decret, Franco va ser nomenat generalíssim de tots els exèrcits espanyols, i a la vegada cap d’Estat mentre durés la guerra. El que havia estat el general més jove de l’Estat passava a exercir les més altes funcions militars i polítiques de l’Espanya rebel. A continuació, la Junta de Defensa Nacional seria dissolta per introduir la Junta Técnica del Estado, amb seu a Valladolid i a Burgos, i el quarter general de Franco va traslladar-se a Salamanca.
Després d’aquesta primera fase del procés d’unificació política i militar, Franco va haver d’enfrontar-se amb la independència que encara gaudien els dos moviments polítics més importants de l’Espanya nacional: els falangistes i els carlins. Tots els intents que s’havien fet per unificar falangistes i carlins havien estat condemnats al fracàs fins aquell moment, el que suposava que, tot i l’existència d’un comandament militar i administratiu únic i indiscutit, no hi havia cap cohesió política.
La política del nou cap de l’Estat a la zona nacional va ser construir un Estat amb un sistema feixista amb un partit únic. Així, allargant al màxim el desenvolupament de la guerra, Franco va poder consolidar el seu lideratge militar i imposar-se a les diferents forces que feien costat a la insurrecció. Inspirat en el model feixista de Hitler i Mussolini, el generalíssim buscava la instauració del sistema de partit únic sota el seu comandament amb plens poders polítics i militars.
En aquells moments, la Falange, després de la mort del seu fundador José Antonio Primo de Rivera (afusellat a la presó republicana d’Alacant el novembre de 1936) es debatia en una profunda crisi de direcció. Així, el nou lideratge que representava la continuïtat de la vella guàrdia falangista era contestat des de nous sectors que s’havien afiliat al partit després de l’inici de la guerra.
Per la seva banda, els carlins presentaven importants discrepàncies amb la Falange. Els tradicionalistes comptaven amb nombrosos efectius militars propis, l’autonomia dels quals va crear molts problemes a la direcció de l’exèrcit, fins a l’extrem que Franco va haver d’obligar el seu cap principal a abandonar el país el desembre de 1936.
Ben aviat, però, Franco va disposar-se a liquidar qualsevol tipus de resistència existent en el bàndol nacional, i, el 19 d’abril de 1937, amb la col·laboració del seu cunyat, Ramón Serrano Suñer, va decretar la unificació forçada dels dos moviments en l’anomenada Falange Española Tradicionalista y de las JONS (FET-JONS), partit al qual s’integrarien totes les altres forces polítiques que donaven suport al bàndol nacional. La nova FET-JONS va ser instrumentalitzada per Franco com a element per a controlar i influenciar qualsevol activitat política. S’estaven posant les bases del Nuevo Estado.
En aquest partit únic quedaven incorporades totes les tendències polítiques que havien donat suport a la insurrecció militar i que, a partir d’aquest moment, tindrien Franco com a cap suprem. Tots els intents d’oposició al decret protagonitzats tant per falangistes com per carlins van ser reprimits amb facilitat. El nou partit únic, d’ideologia falangista (uniformat amb la camisa blava de Falange i la boina vermella carlina, així com amb la salutació feixista del braç enlaire), però, no dominaria l’aparell de l’Estat. D’aquesta manera, totes les activitats polítiques van quedar estretament supeditades al control directe de l’autoritat militar i, en concret, a la figura de Franco.
A continuació, el juliol de 1937, els bisbes espanyols van donar a conèixer una carta pastoral col·lectiva on es mostraven a favor dels sublevats. Posteriorment, al mes d’octubre, el franquisme va rebre el reconeixement diplomàtic per part del Vaticà. D’aquesta manera, el règim franquista va guanyar-se el suport de l’Església que es convertiria en un element omnipresent en el Nou Estat.
El procés d’institucionalització del Nuevo Estado franquista va culminar el gener de 1938 amb la desaparició de la Junta Técnica i la formació del primer govern de la zona nacional. Franco, que des d’aquest moment ostentaria la condició de Caudillo de España, concentrava en la seva figura la jefatura de l’Estat i la presidència del govern. Clarament inspirat en el feixisme, el Nuevo Estado defensava un model social basat en el conservadorisme i en la preeminència del catolicisme. Els pilars fonamentals del nou i autoritari aparell estatal serien el partit únic (FET-JONS), l’Església i l’exèrcit.
El primer govern franquista va abolir la legislació republicana en matèria econòmica, social i laboral, a la vegada que reinstaurava la pena de mort. Igualment, van suprimir-se les llibertats religioses, polítiques i de premsa, i va reintroduir-se la confessionalitat de l’Estat (derogació del matrimoni civil i el divorci, introducció d’una retribució estatal al clergat i establiment del culte religiós en l’ensenyament). En aquest context, el març de 1938, s’aprovaria la primera de les lleis fonamentals del franquisme: el Fuero del Trabajo, novament d’inspiració feixista, el qual establia un sindicat únic que agrupava empresaris i treballadors a la vegada que prohibia les vagues i les reivindicacions obreres.
Així, durant la Guerra Civil es posaven les bases del règim franquista, una dictadura totalitària de tipus militar, que es mantindria en el poder a Espanya durant quaranta anys, fins que, a la mort del dictador, s’iniciés el procés de Transició a la democràcia.