Els Fets de Maig de 1937 van comportar modificacions polítiques substancials dins del bàndol republicà amb la pèrdua d’influència dels anarquistes i l’enfortiment de les posicions dels comunistes, que ja gaudien d’un gran ascendent gràcies a l’ajuda militar que la Unió Soviètica estava proporcionant a la República. A més, el curs desfavorable de la guerra havia posat en contra del govern de Largo Caballero els comunistes, els sectors socialistes favorables a Indalecio Prieto i els republicans d’esquerra, que ara tindrien l’oportunitat de redreçar la situació segons els seus interessos.

D’acord amb les directrius soviètiques de perseguir els trotskistes com a enemics de la Revolució, els comunistes espanyols i catalans van exigir la il·legalització del POUM i que els seus líders fossin detinguts acusats de ser els responsables màxims de la crisi de maig i de complicitat amb el feixisme. La negativa de Largo Caballero a il·legalitzar el POUM va comportar que els comunistes forcessin una crisi de govern que obligaria Largo a dimitir.

El 17 de maig, el president de la República, Manuel Azaña, va encarregar que es constituís un nou govern presidit per Juan Negrín, del qual van ser exclosos els anarquistes. El nou govern, recolzat pel PSOE, va ser l’encarregat de dur a terme la repressió contra el POUM i els seus militants, fet que abocaria el partit a la dissolució i, més tard, comportaria l’assassinat del seu secretari Polític, Andreu Nin a mans d’agents de la policia política soviètica.

Respecte de Catalunya, a partir de maig de 1937 la Generalitat va veure molt minvades les seves competències. Aquell mateix mes va perdre el control de l’ordre públic i de l’organització militar, que des d’aquell moment van ser assumits pel govern Negrín, el qual posava l’èmfasi en la centralització política i militar per assolir l’objectiu prioritari de guanyar la guerra. I el procés de transferències no havia fet més que començar.

El govern Negrín va reforçar el poder central, va unificar la direcció bèl·lica, va integrar totes les milícies en l’Exèrcit Popular i va establir el control sobre la producció industrial i agrària. En aquest context, va dissoldre’s el Consell de Defensa d’Aragó, dominat pels anarquistes. Semblava que Espanya i Catalunya assolien finalment una estabilitat política, i de fet el govern Negrín es mantindria fins a la fi de la guerra, però l’estabilització política sota el domini comunista només podia ser efectiva si arribaven victòries militars.

La formació, el mes de juny, d’un nou govern de la Generalitat de Catalunya presidit per Companys i fonamentat en l’aliança entre l’ERC i el PSUC, sense la participació de la CNT, no va impedir que les relacions amb Negrín fossin molt tenses. La marginació dels anarquistes sumada a la progressiva pèrdua d’influència de la Generalitat a causa de les ingerències del govern central van comportar que el PSUC esdevingués la força predominant a Catalunya fins el final de la guerra.

Al novembre de 1937, Negrín va decidir traslladar el govern de la República de València fins a Barcelona, on també es trobava el govern basc, refugiat des de la caiguda del nord. La decisió va estar motivada per la necessitat de controlar els recursos econòmics i militars d’una de les zones més riques i poblades que quedaven sota el control republicà. Amb el govern Negrín arribaven també els aparells centrals dels partits i les institucions espanyoles.

El govern republicà, un cop instal·lat a Barcelona, va assumir l’ordre públic, la gestió dels proveïments, el comerç exterior, l’administració de justícia i la industria de guerra, tot deixant de banda l’administració d’un govern de la Generalitat molt afeblit per les circumstàncies i que veia amb impotència com les seves competències reals s’anaven reduint.

El 1938 la situació ja era desesperada en el territori republicà. Hi mancaven aliments, els desastres militars eren continus i entre la població començaven a fer-se evidents la desmoralització i el cansament derivats d’una guerra llarga. Davant aquesta situació, Negrín, amb l’esperança d’aconseguir suports internacionals, va proposar una sortida negociada que posés fi a la guerra i va publicar el Programa dels Tretze Punts on exposava les condicions necessàries pel cessament de la violència. Però aquests van ser rebutjats per Franco i tampoc van rebre l’aval internacional necessari per forçar el bàndol nacional, que comptava amb el suport del nazisme i el feixisme, a la negociació.

Aleshores, Negrín va mostrar-se partidari de la resistència a ultrança de la República tot i les constants desfetes militars. Aquesta posició es justificava en el fet que la tensa situació internacional provocada per l’agressiu expansionisme nazi podia precipitar Europa cap a la guerra en qualsevol moment. Això podia ser beneficiós per a Espanya ja que, a més de reduir la presència nazi-feixista a la Península, podia permetre a la República incorporar-se en un ampli conflicte europeu contra els totalitarismes que suposés la desitjada ajuda internacional negada fins aquell moment.

Però, tot i les esperances de Negrín, en el marc de la política d’apaivagament practicada pel govern britànic, el setembre de 1938 es signava el Pacte de Munic, mitjançant el qual la Gran Bretanya i França reconeixien l’annexió dels Sudets per part d’Alemanya i claudicaven davant l’expansionisme nazi per mantenir la pau. Tanmateix, Negrín no va perdre l’esperança i, amb el suport dels comunistes, va insistir en la necessitat de resistir militarment. La guerra, però, estava perduda.

La derrota i ocupació de Catalunya pels franquistes, entre gener i febrer de 1939, va significar l’exili per als diferents governs que s’havien instal·lat a Barcelona. Així, el govern central, el govern de Catalunya i el govern del País Basc, així com tots els seus dirigents polítics i sindicals van haver de creuar la frontera. Mentre, a les darreries de febrer, Gran Bretanya i França reconeixien el règim de Franco com a govern d’Espanya, Manuel Azaña dimitia com a president de la República des de l’exili francès.

Malgrat els esforços de Negrín per continuar la guerra a la desesperada, la República tenia els dies comptats. El drama va completar-se l’1 d’abril quan, oficialment, es declarava la desfeta republicana. Quatre mesos després, l’1 de setembre, esclatava la Segona Guerra Mundial. Negrín tenia raó, però el temps no li va permetre arribar a temps a un conflicte internacional que s’iniciava quan la Segona República espanyola ja havia estat oficialment liquidada pel franquisme.