El 1887 va produir-se una escissió en el si del Centre Català que trencava amb la unitat del catalanisme i va suposar la marxa de la major part dels seus afiliats, que formarien una nova organització: la Lliga de Catalunya, integrada per homes com Àngel Guimerà, Narcís Verdaguer i Callís, Lluís Domènech i Montaner, Joan Puig i Cadafalch, Enric Prat de la Riba i Ferran Alsina. La nova organització tenia un caràcter força més conservador del que havia presentat el projecte de Valentí Almirall, fet que va suposar una major connexió entre la Lliga i els membres de la burgesia catalana, però tampoc era un partit polític preparat per a presentar-se a les eleccions amb una base social definida.

La Lliga de Catalunya va fer seves les reivindicacions d’oficialitat de la llengua catalana, la defensa del dret civil, el proteccionisme i la pràctica d’una política exclusivament catalanista. Una de les seves primeres iniciatives va ser l’elaboració d’un Missatge a la reina regent (1888), adreçat a Maria Cristina amb motiu de l’Exposició Universal de Barcelona, on reivindicaven l’autonomia política per a Catalunya tot recollint novament els greuges i les aspiracions del catalanisme moderat.

L’any següent, el 1889, la Lliga de Catalunya va promoure una campanya en defensa del dret civil català i contra el projecte de reforma del Codi Civil espanyol que s’estava discutint a les Corts. Finalment, el govern va accedir a canviar la redacció del Codi Civil, fet que va ser presentat a l’opinió pública com la “primera victòria del catalanisme”.

El 1891, arran de la lluita mantinguda per la defensa del dret civil català, va fer-se present la necessitat d’organitzar millor el moviment catalanista i, amb aquest objectiu, la Lliga de Catalunya va proposar-se la fundació d’una nova entitat que coordinés tots els grups catalanistes comarcals. Així va crear-se la Unió Catalanista, una entitat que agrupava a diferents sectors catalanistes en una mena de federació que implicava a grups, centres, associacions, ateneus i publicacions catalanistes.

La nova organització catalanista tenia com a objectius la propagació de les idees regionalistes i la realització d’un programa comú per a tots els grups catalanistes. La Unió va tenir un suport important a la Catalunya rural, fet que entroncava amb la voluntat que mostrava per donar més participació a les organitzacions de caràcter comarcal i evitar l’hegemonia barcelonina que havia caracteritzat el catalanisme fins aquell moment.

Així, la base social de la Unió Catalanista es trobava en els propietaris mitjans, però també entre comerciants, professionals liberals i un sector dels intel·lectuals. La seva militància directa, però, era més aviat escassa. Va ser la seva estructura, fonamentada sobre el model de federació d’entitats catalanistes, la que va possibilitar que la Unió abracés una gran amplitud geogràfica i comptés amb la possibilitat de fer difusió de les seves iniciatives entre un públic força ampli.

La nova organització va jugar un paper important en el creixent desvetllament de la consciència catalanista i va significar el triomf de les tesis pròpiament catalanistes que posaven l’èmfasi de les seves reivindicacions en l’obtenció d’un ampli autogovern per a Catalunya, anant més enllà de l’organització descentralitzada de l’Estat espanyol. El seu punt feble, però, va ser la tensió continuada a la que va haver de fer front com a conseqüència de l’existència de diferents faccions en el seu si, enfrontades per la possibilitat de fer el pas a la participació en la vida política .

Un dels primers actes de la Unió Catalanista va ser convocar una reunió dels seus delegats a la ciutat de Manresa, on van redactar-se les bases per a una futura constitució política de la regió de Catalunya. Les Bases de Manresa de 1892 van ser la plasmació del pensament catalanista conservador i tradicionalista, tot recollint els principis del catalanisme polític i expressant el paper que Catalunya hauria de tenir en la vida política espanyola.

Les Bases, en la redacció de les Bases va tenir un paper destacat Enric Prat de la Riba, estaven estructurades en disset articles que definien un poder regional que reposava en la plena sobirania de Catalunya. En elles s’establia una organització de Catalunya amb un caràcter medievalitzant, basat en les comarques i els municipis.

Les Bases de Manresa constituïen un desafiament inadmissible per a l’Estat centralista i uniformista ja que entre les demandes que incloïa hi havia la presència del català com a única llengua oficial, la dependència directa de l’ordre públic del poder regional i competències exclusives en el control de les finances i del sistema tributari, l’educació i la iniciativa legislativa. Les competències de l’Estat haurien restat força limitades d’haver-se portat a terme aquest model.

Només els catalans tindrien dret a exercir càrrecs públics a Catalunya, el Tribunal Superior de Catalunya havia de ser inapel·lable i el servei militar obligatori substituït per un contingent de voluntaris. El caràcter arcaïtzant del document era evident en la defensa del restabliment de les d’antigues institucions com l’Audiència i les Corts i la idea de la vinculació entre Catalunya i Espanya mitjançant un pacte d’aquestes institucions amb la corona. D’altra banda, la composició de les Corts catalanes, escollides mitjançant el sufragi corporatiu, era un exemple de corporativisme reaccionari.

El catalanisme s’inclinava així per un tradicionalisme antiliberal, però també allunyat del carlisme i de d’intransigència del clergat. En qualsevol cas, aquesta posició tradicionalista no podia tenir cap futur en una Catalunya industrial, cada cop més urbanitzada i camí de la secularització cultural.

Aquesta via “pairalista” trobava simpaties entre el vigatanisme, un moviment catòlic cultural i intel·lectual impulsat fonamentalment pels membres de les institucions eclesiàstiques de la ciutat de Vic. Aquest grup tradicionalista va dotar-se d’un òrgan de premsa, el setmanari La Veu del Montserrat, i de la mà del bisbe de Vic Josep Torres i Bages com a màxim exponent, va articular un catalanisme d’arrels cristianes. En els anys noranta, el vigatanisme traslladaria les seves postures al setmanari La Veu de Catalunya de Barcelona i acabaria diluint-se entre el nou catalanisme conservador hegemònic.