Després de la derrota definitiva de la insurrecció carlina el 1876 el nou règim va prohibir de manera explícita l’entrada a Espanya del pretenent Carles VII de Borbó i alguns membres destacats del carlisme, com el vell heroi militar Ramon Cabrera, van reconèixer Alfons XII com a legítim rei espanyol. Tot això va sumir el carlisme en una greu crisi i el partit va trigar temps a readaptar la seva activitat a les noves circumstàncies.
Cándido Nocedal, el principal dirigent carlí i representant del pretenent al país, va aconseguir d’estendre els cercles carlins per tot l’Estat, però la seva força principal va continuar residint a Navarra, el País Basc i Catalunya. La reorganització del carlisme va suposar el reforçament del seu caràcter de moviment catòlic i la pràctica d’una propaganda política agressiva a través dels òrgans de premsa afins. Aquesta agressivitat va portar el carlisme a una escissió dels sectors que formarien la Unió Catòlica, grup dirigit per Alejandro Pidal i que acabaria integrant-se en el Partit Conservador.
La renovació del partit aniria a càrrec de Juan Vázquez de Mella, que el 1886 va proposar un nou programa polític adaptat als nous temps que vivia el país en l’anomenada Acta de Loredán (nom del palau venecià on residia el pretenent Carles VII després de la seva expulsió de França). La proposta mantenia la vigència d’antics principis carlins com la unitat catòlica d’Espanya, la reclamació dels furs, l’autoritat legítima del pretenent carlí o l’oposició al sistema democràtic, però en aquesta actualització ja no hi hauria cap proclama en favor de l’Antic Règim i s’acceptava el nou ordre liberal i capitalista.
En paral·lel a la renovació dels principis carlins, la disputa religiosa va anar guanyant protagonisme al si del partit. Així, des d’un sector del carlisme s’acusava Carles VII i els principals dirigents del partit de no donar prou suport a la política catòlica impulsada des del papat contra el liberalisme, tot acusant el pretenent de “cesarisme” per donar prioritat a la qüestió dinàstica per sobre de la religiosa. El líder d’aquest corrent crític, Ramón Nocedal, fill del vell líder carlí, acabaria protagonitzant una escissió que donaria lloc a la formació del Partit Catòlic Nacional, que va deixar de reconèixer com a rei al pretenent carlista i va passar a actuar com un grup catòlic integrista amb força predicament en els sectors més reaccionaris de la societat.
El 1907, va fundar-se el Requetè, una organització carlina de caràcter paramilitar que prenia el seu nom dels soldats navarresos que havien lluitat al costat del pretenent carlí en la Primera Guerra Carlina. Aquests grups actuarien com a forces de xoc contra el republicanisme i l’obrerisme allà on el carlisme mantenia la seva força (Navarra, País Basc, Catalunya) i en poblacions d’Andalusia (Sevilla, Huelva) i d’altres regions on van aparèixer nous seguidors del moviment.
La mort de Carles VII de Borbó, el 1909, va convertir el seu fill, Jaume de Borbó, en el nou pretenent a la corona. Tanmateix, les lluites internes en el si del partit iniciades en les darreries del segle XIX amb l’escissió dels integristes van continuar i, amb motiu de l’esclat de la Primera Guerra Mundial, un sector del carlisme va declarar-se germanòfil en oposició a la postura proaliada del pretenent. Finalitzada la guerra, el 1919, un dels principals dirigents carlins, Juan Vázquez de Mella, va abandonar la militància per fundar el Partit Tradicionalista.
Desapareguts del joc polític i condemnats a la marginalitat parlamentària durant la Restauració, amb la proclamació de la Segona República, el 1931, el carlisme aconseguiria reunificar-se incorporant novament en el seu si a integristes i tradicionalistes, donant lloc a la formació de la Comunió Tradicionalista, un partit minoritari però que jugaria un paper destacat en els anys de la Guerra Civil i en la configuració del franquisme.
