Immediatament després de la mort de Ferran VII, el 1833, van sorgir les primeres partides carlines per una extensa zona de la geografia espanyola. Com que els carlins no van comptar inicialment amb un exèrcit regular, van organitzar-se en escamots que actuaven seguint el mètode de les guerrilles. El focus més important de les partides carlines va situar-se a les zones muntanyoses de Navarra i del País Basc, als Pirineus catalans, el nord de Castelló, el Baix Aragó i les comarques catalanes de l’Ebre.
Enfront, la causa isabelina va comptar en un primer moment amb el suport d’una bona part de l’alta noblesa i dels funcionaris, així com d’un sector de la jerarquia eclesiàstica. Però davant la necessitat d’ampliar la seva base social per plantar cara al carlisme, la regent es va veure obligada a buscar l’adhesió dels liberals, tot i que això l’allunyés dels seus primers suports. D’aquesta manera, i per comprometre la burgesia i els sectors populars de les ciutats en defensa de la seva causa, Maria Cristina va haver d’acceptar les demandes liberals que exigien la fi de l’absolutisme i l’Antic Règim. En el fons, ni Maria Cristina ni Francisco Cea Bermúdez (el seu cap de govern) eren liberals, i aquest apropament que donaria lloc a la Revolució liberal espanyola va ser fruit del tacticisme i la necessitat.
El conflicte armat va passar per dues grans etapes, una primera fase d’expansió del carlisme i una segona de replegament, fractura i derrota.
Primera etapa (1833-1835). L’inici de la guerra, després de l’aixecament carlí de Talavera de la Reina l’octubre del 1833, va caracteritzar-se per la consolidació d’un front de guerra al nord on els carlins, malgrat que mai van aconseguir conquerir una ciutat important, van obtenir un seguit de triomfs militars. Els carlistes van aconseguir formar un exèrcit regular de 30.000 soldats mentre que l’exèrcit liberal era format per 180.000 homes –uns 70.000 aplicant la tècnica de lluita de guerrilles–.
L’any 1834, el pretenent Carles va abandonar el seu refugi a Anglaterra i va instal·lar-se a Navarra, on va crear un Estat paral·lel, amb la seva cort, el seu govern i el seu exèrcit. El general Zumalacárregui, que tenia el comandament de les tropes del nord, va estendre la lluita al País Basc, Navarra, la Rioja i el Maestrat. Sota el seu comandament, els carlins van aconseguir conquerir Tolosa, Durango, Bergara i Eibar, però va fracassar en la presa de Bilbao, on va trobar la mort (1835) i els carlins van veure’s privats del seu millor estratega.
A Catalunya, les primeres partides van organitzar-se a la zona de Prats de Lluçanès, però l’exèrcit lleial a la regent va sufocar la revolta. A poc a poc, les tropes carlines actuaven especialment al nord del Principat, a la zona muntanyenca de les províncies de Girona, Barcelona i Lleida, encara que des d’allà les partides es movien àmpliament pel territori. En canvi, no va aconseguir-se l’obertura d’un front estable a les comarques de Tarragona, on els carlins actuarien amb les partides del Maestrat i del Baix Aragó.
Els primers temps de la insurrecció carlina van caracteritzar-se per la simple continuïtat de la lluita de partides aïllades que actuaven sense connexions entre si. La fragmentació i la indisciplina eren la tònica general de l’aixecament. Cap al 1834 semblava que la insurrecció ja era totalment esclafada i el nivell d’actuació de les partides no avançava, sense poder distingir-se les accions emmarcades en la lluita política i la simple delinqüència.
Però l’agitació carlina va anar estenent-se i, a partir de 1835, aprofitant el fet que el gros de l’exèrcit isabelí es concentrava a Navarra i el País Basc, els carlins va poder reorganitzar-se a Catalunya. Van aconseguir controlar una bona part de la Catalunya interior i de la muntanya tortosina, on van enllaçar amb les partides de Ramon Cabrera, un dels líders més destacats del moviment carlista, que actuava a tota la zona del Maestrat i del Baix Aragó. Els liberals no entenien com era possible que, tot i la seva superioritat numèrica, els carlins poguessin resistir a Catalunya (9.000 homes a les partides carlines contra 28.000 homes de l’exèrcit regular i 50.000 milicians). Això explicaria la malfiança d’unes classes populars que estaven pagant la guerra amb vides mentre els militars eren incapaços de guanyar, o no estaven interessats a acabar la guerra.
Segona etapa (1836-1840). Des de que el general Espartero, al comandament de les tropes isabelines, va aconseguir la victòria de Luchana (1836) que posava fi al setge de Bilbao, la guerra va començar a inclinar-se a favor del bàndol liberal. Els carlins eren conscients que no podien triomfar si no ampliaven el territori que ocupaven i aconseguien mobilitzar nous recursos i adeptes. Per això, des de 1836, van iniciar expedicions cap a d’altres zones del territori espanyol sota el seu domini. La més important d’aquestes expedicions va ser l’expedició reial del 1837 que va sortir des de Navarra cap a Catalunya per dirigir-se a Madrid amb la intenció de casar al primogènit de Don Carlos amb Isabel II, però les forces carlines van ser incapaces de prendre la capital i es van haver de retirar cap el nord.
Mentre, a la zona est, partides catalanes, aragoneses i valencianes sota el comandament de Ramon Cabrera van iniciar incursions pel litoral valencià i, cap al 1838, van aconseguir reunir un exèrcit de més de 15.000 homes. A Catalunya, en aquests moments començava l’etapa més brillant del carlisme. El comandament de les forces del govern carlista (la Junta Superior Governativa de Catalunya) passava a mans del baró de Meer que va convertir-se en un incansable perseguidor de liberals en comptes de dedicar-se a guanyar la guerra carlina. L’obsessió de Meer per evitar una revolta revolucionària va fer que els carlins arribessin a establir a Catalunya una administració paral·lela. En algunes zones, com el nord de Lleida, les partides dominaven el territori, tot i haver fracassat a l’hora de prendre la Seu d’Urgell.
Però, tot i els avenços militars, els carlins tenien un seriós problema de rivalitat en el si del seu govern. Hi havia dues tendències enfrontades: els “aristòcrates” més joves i moderats i els “demagògics” o “descamisats” on es trobaven els clergues i altre gent obscura i extremista. Els mateixos membres de la Junta van demanar a Don Carlos que els enviés com a cap al comte d’Espanya pensant que el seu prestigi i la seva autoritat serien suficients per a resoldre les divisions internes.
El pretenent va acceptar i va nomenar el comte president de la Junta, deixant així tot el poder polític a les seves mans. Contra les previsions dels “aristòcrates”, el comte d’Espanya va aliar-se amb el sector més extremista i va començar a cometre arbitrarietats, extravagàncies i crims. Això va fer que aquests acabessin retirant-se i marxant cap a França i va provocar una inactivitat militar. Per contra, mentre el carlisme català es fracturava, al nord-est les tropes liberals van anar recuperant ciutats com Ripoll o Solsona i es va fer evident la impossibilitat d’un triomf carlí.
La feblesa del carlisme i la llarga durada del conflicte armat va propiciar discrepàncies entre els carlistes que es fracturarien entre els anomenats transaccionistes, partidaris d’arribar a un acord amb els liberals a través de la maniobra de “Paz y Fueros”, i els intransigents, defensors de continuar la guerra. Finalment, el 1839, el general Maroto, cap dels transaccionistes, va acordar la signatura del Conveni de Bergara amb el general Espartero. L’acord establia el manteniment dels furs bascos i navarresos “sin perjuicio de la unidad constitucional de la monarquía”, així com la integració de l’oficialitat carlina en l’exèrcit reial.
Un cop oficialment acabada la guerra, el carlisme va prosseguir la seva resistència a Catalunya. Així, el setembre els carlins entraven a Camprodon i a l’octubre ocupaven i cremaven Moià. Les atrocitats i les mostres de desequilibri del comte d’Espanya van arribar a un punt en que la mateixa Junta d’exaltats que havia restat fidel a les seves ordres va demanar a Don Carlos (refugiat a França) que el destituís. El pretendent va nomenar cap militar de Catalunya a Josep Segarra i el comte va ser estrangulat i després de despullat el cadàver, llençat al riu Segre.
El gener de 1840, el pretendent ordenava a Ramon Cabrera, el tigre del Maestrat, que es posés al capdavant de les tropes. Un Cabrera malalt entrava a Berga amb unes tropes famolenques i desmoralitzades que havien perdut tota la disciplina i només es dedicaven a saquejar els pobles. Finalment, el 6 de juliol travessaria la frontera amb el que restava dels exèrcits carlins posant fi a la guerra carlina a Catalunya.