La vida política de la Tercera República francesa va quedar enterbolida l’any 1894 quan l’estat major francès va descobrir una carta anònima que prometia el traspàs d’informació militar secreta als alemanys, és l’anomenat affaire Dreyfus. Alfred Dreyfus era un oficial jueu de l’exèrcit francès que va ser acusat de traïció amb proves falses i finalment va ser condemnat.

Aquest espinós assumpte va ser conseqüència del fort antisemitisme d’alguns sectors de la societat francesa. Arrel de l’escàndol, les dretes nacionalistes de l’Estat van llançar-se a una gran campanya antisemita; però, gràcies als esforços del germà de Dreyfus, es va poder saber que el tinent coronel Picquart havia descobert posteriorment una nova carta, escrita amb la mateixa cal·ligrafia que la primera, escrita per Esterházy, un oficial d’origen hongarès (maig del 1896), el qual seria jutjat i absolt (gener del 1898), malgrat tot.
L’affaire Dreyfus es va convertir en l’assumpte públic més important de França i, fins i tot, el debat derivat va adquirir un caràcter mundial. L’escriptor Emile Zola va publicar a L’Aurore una carta oberta al president de la república (el cèlebre J’Accuse…!), que donaria un ampli ressò a la idea de la revisió del procés Dreyfus, però Zola va ser processat.
Extracte de l’article J’Acuse…! de l’escriptor Emile Zola:
Senyor President, permeteu-me que, agraït per la bondadosa acollida que em vau dispensar, em preocupi de la vostra glòria i us digui que la vostra estrella, tan feliç fins avui, és amenaçada per la taca més vergonyosa i inesborrable. Heu sortit sa i estalvi de vils calumnies, heu conquerit els cors […]. Però quina taca de llot sobre el vostre nom –anava a dir el vostre regne– pot conferir aquest abominable procés Dreyfus! […]. I no hi ha remei; França conserva aquesta taca i la història consignarà que un crim social com aquest es va cometre a l’empara de la vostra presidència […].
Jo acuso el general Billot d’haver tingut a les mans les proves de la innocència de Dreyfus i de no haver-les utilitzat, fent-se, per tant, culpable del crim de lesa humanitat i de lesa justícia, amb una finalitat política i per salvar l’Estat Major compromès. Jo acuso el general Boisdeffre i el general Gonse per haver-se fet còmplices del mateix crim, l’un per fanatisme clerical, l’altre per esperit de cos, que fa des les oficines de la Guerra una arca santa, inatacable […]. Jo acuso les oficines de Guerra per haver fet a la premsa, particularment a L’Éclair i a L’Echo de París, una campanya abominable per cobrir la seva falta, confonent l’opinió pública. I en darrer lloc: jo acuso el primer Consell de Guerra per haver condemnat un acusat basant-se en un document secret, i el segon Consell de Guerra, per haver cobert aquesta il·legalitat, cometent el crim jurídic d’absoldre conscientment el culpable.
[…] I l’acte que faig aquí, no és sinó un mitjà revolucionari d’activar l’explosió de la veritat i de la justícia […]. La meva ardent protesta no és altra cosa que un crit de la meva ànima. Que s’atreveixin a portar-me als Tribunals i que em jutgin públicament. Ho espero així.
Des d’aquest moment, va produir-se l’afrontament entre dretes i esquerres; aquestes, encapçalades per Jaurès, van constituir la Lliga dels Drets de l’Home (1898), i els nacionalistes i antisemites, una Lliga dels Patriotes, de defensa a ultrança de l’exèrcit. La revisió del procés va resultar inevitable quan el tinent coronel Henry, confés d’haver falsificat unes proves contra Dreyfus, va suïcidar-se, i el govern va ser obligat a dimitir per la cambra de diputats. A Rennes s’obriria el nou procés, que rebaixaria la condemna, però es negaria encara a reconèixer la innocència de Dreyfus (setembre del 1899).
D’aquesta manera, el procés es va allargar fins el juliol del 1906, quan finalment, després del triomf electoral dels radical-socialistes, Dreyfus va ser totalment rehabilitat i Esterházy condemnat. Dreyfus va ser reintegrat a l’Exèrcit amb tots els honors i es va retirar amb el grau de comandant després de participar en la Primera Guerra Mundial al capdavant d’una unitat d’abastiments. El 1930, el coronel Schwartzkoppen, l’agregat militar a l’ambaixada alemanya de París en el període 1894-97, confirmaria públicament que el confident havia estat Esterházy.