La Guerra del Francès no va ser l’enfrontament tradicional entre dos exèrcits, el francès i l’espanyol, sinó que un dels seus protagonistes essencials va ser la guerrilla, un fet desconegut anteriorment. D’altra banda, la guerra contra els francesos no va tenir límits en la violència, esdevenint una guerra contemporània. Tot i que la tecnologia encara era molt limitada, amb baionetes, canyons i l’ús de la cavalleria, la violència va arribar a uns límits que abans mai no s’havien arribat a donar.
Així, la història militar de la guerra contra el francès, tot i ser força complexa, es pot dividir en tres grans etapes:
Organització de la resistència (1808-1809). L’actuació desorganitzada de la resistència en un primer moment semblava indicar que, tal i com havia previst Napoleó, la invasió francesa seria ràpida i relativament fàcil. Però, la resistència mostrada per ciutats com Girona, Saragossa o Tarragona, sotmeses al violent setge de les tropes franceses, suportant els bombardeigs i la fam durant mesos, va immobilitzar part de l’exèrcit i va impedir el progrés francès cap al sud peninsular.
D’altra banda, van produir-se els primers incidents bèl·lics importants amb les batalles del Bruc del 6 i el 14 de juny de 1808, que van suposar les primeres derrotes de l’exèrcit napoleònic contra una barreja de sometents, mercenaris suïssos, militars fugitius de la guarnició de Barcelona i població civil. Les derrotes dels francesos al Bruc i la resistència en el camí de Tarragona expliquen que aquests no aconseguissin estendre el seu domini a Catalunya més enllà de Mataró. El fracàs del setge de Girona va fer que ni tan sols el camí de la frontera restés assegurat. Així, l’octubre de 1808, els francesos es trobaven a la defensiva. Es va arribar a posar setge formalment a Barcelona mentre els anglesos bombardejaven des del mar.
Paral·lelament, els francesos eren derrotats per les forces militars espanyoles a la Batalla de Bailén, el 19 de juliol de 1808, fet que va permetre apartar momentàniament les tropes imperials d’Andalusia, frenar l’avenç de l’exèrcit invasor, replegat al nord de l’Ebre, i forçar Josep I a abandonar Madrid.
En resposta, Napoleó va decidir que, davant les males perspectives de la campanya espanyola, hi intervindria personalment desplaçant un exèrcit de 250.000 homes que arribaria el novembre per a dirigir la contraofensiva francesa. En quatre setmanes el seu progrés va ser irresistible i els francesos van aconseguir la victòria de Somosierra, el 30 de novembre. D’aquesta manera, el gener de 1809, deixaven a Josep I novament instal·lat a Madrid. A continuació, durant el 1809, el domini napoleònic es va estendre per tot el territori espanyol.
El 1809, un nou cos francès encapçalat per Saint-Cyr entrava a Catalunya marxant cap a Barcelona desfent l’amenaça del setge després de derrotar Vives (el segon capità general de la guerra) que va ser substituït pel general suís Teodor Reding que va reorganitzar les tropes. Reding, però, va morir a l’abril de 1809 i el va substituir Blake (capità general de València i Aragó). Els mesos següents estarien marcats per la inacció i Girona acabaria caient a mans franceses el mes de desembre després d’un sagnant setge. A continuació es produiria un autèntic holocaust entre la població gironina (la meitat dels habitants de Girona perdrien la vida) a mans del nou cap de les tropes franceses: el duc de Castiglione.
Conquesta de Catalunya pels napoleònics i resistència guerrillera (1810-1811). Arribats a 1810, les principals ciutats catalanes van caure en mans de l’invasor. Amb la conquesta de Girona el camí de la frontera restava obert i Napoleó podria portar endavant els seus projectes per consolidar el domini de Catalunya endinsant-se a poc a poc cap a la plana de Vic. Ara, Suchet iniciaria el setge de Lleida que acabaria amb la presa de la ciutat després d’un violent combat casa per casa.
Amb la presa de Girona i Lleida s’iniciava l’etapa més pròspera del domini militar napoleònic a Catalunya mentre els exèrcits regulars espanyols encadenaven derrota rere derrota, la Junta Superior es veia forçada a iniciar un peregrinatge pel país fins arribar a Cadis i els generals napoleònics anaven apuntant-se victòries (Tortosa queia el 1811). Després de la caiguda de Tortosa, Suchet va llançar-se al setge de Tarragona, convertida en capital del govern de Catalunya.
Blake va dimitir del comandament de les tropes patriotes donant pas a una etapa de confusió i desordre fins que O’Donnell va ser nomenat capità general. El nomenament d’O’Donnell va donar esperances a la població i va retornar la moral a l’exèrcit amb un seguit d’accions més espectaculars que efectives, però va acabar dimitint i embarcant-se cap a Mallorca deixant a la població decebuda i irritada. El comandament militar va passar aleshores al marqués de Campoverde després d’un estrany aldarull iniciat a Reus. Nomenat en contra de les ordres que arribaven de Cadis, el poder de Campoverde es fonamentava en el suport popular, però també acabaria abandonat covardament Tarragona.
La ciutat quedava d’aquesta manera lliurada a les seves pròpies forces, realitzant una resistència heroica fins a juny de 1811, quan, guanyada a l’assalt, va ser víctima de la brutalitat dels conqueridors que es venjarien de la resistència amb assassinats, violacions, robatoris i destruccions. D’aquesta manera, els francesos feien efectiu el seu domini de tot el territori català. Suchet acabaria la campanya de presa de Catalunya amb l’ocupació i destrucció del monestir de Montserrat.
Domini francès consolidat i ofensiva aliada (1812-1814). Així, a finals de 1811 l’ocupació francesa de Catalunya era completada i el 1812 es procediria a la integració del conjunt de terres catalanes dins de l’Imperi Napoleònic. Però, la resistència popular i la guerrilla van mantenir un estat de guerra que va frustrar la major part dels intents reformistes que Napoleó volia introduir a Catalunya.
A mitjans de 1812, les coses van tornar a canviar desfavorablement per als francesos que van veure com els exèrcits de Napoleó eren destruïts a la campanya de Rússia i que, aprofitant-se de la conjuntura, les forces espanyoles, amb el suport de la guerrilla i de l’exèrcit britànic comandat pel general Wellington, començava a obtenir victòries a Espanya (Arapiles, al juliol de 1812), fet que suposaria un punt d’inflexió en el desenvolupament militar del conflicte.
A Catalunya, sota el comandament del nou capità general designat per la Junta Suprema, el general Lacy, i homes com Eroles, Manso o Milans del Bosch, es produirien un seguit d’accions al voltant de Tarragona. La mancança de mitjans, però, feia que Lacy no pogués fer més que fustigar i desgastar l’enemic mentre el desencís popular pels terribles costos de la guerra anava en augment.
El març de 1813, Josep I abandonava Madrid definitivament. La capital va ser presa per Wellington el 12 d’agost i el domini francès a la Península va començar a decaure. Incapaç de mantenir la guerra a Rússia i Espanya, Napoleó va veure’s obligat a pactar la fi del conflicte amb la signatura del Tractat de Valençay de 1813, que reconeixia Ferran VII com a rei d’Espanya. Així, els exèrcits francesos van iniciar la seva retirada.

La retirada de Catalunya trigaria encara uns mesos més ja que aquest seria l’últim assentament de Suchet que, des de la ciutat de Barcelona, va ordenar l’evacuació cap a França, mentre les tropes aliades travessaven l’Ebre i els guerrillers controlaven el nord del Principat. Després d’evacuar Barcelona, Suchet va instal·lar-se primer a Girona i després avançà cap al Fluvià. Els afrancesats que acompanyaven l’exèrcit napoleònic acampaven a fora de les muralles, miserables i derrotats, mentre a dins de les ciutats els militars francesos s’apressaven a aconseguir un botí personal com a recompensa per la llarga guerra. D’aquesta manera, Catalunya va ser la zona de la Península que més temps va estar ocupada pels francesos, constantment en peu de guerra i sofrint majors destruccions que cap altra província espanyola.