Mentre es produïen les abdicacions de Baiona i la substitució de la monarquia borbònica per la bonapartista, l’esclat d’una insurrecció popular contra la presència francesa i la passivitat de l’administració va donar origen a una guerra llarga i complexa: la Guerra de la Independència o Guerra del Francès que integra una sèrie de corrents, canvis socials i successos puntuals de gran complexitat.
Les tropes imperials franceses van entrar van entrar a Catalunya el 9 de febrer de 1808 sota el comandament del general Duhesme i de Lechi amb 5.427 homes i 1.830 cavalls. Arribarien a la ciutat de Barcelona el 13 de febrer en mig de la passivitat de les autoritats, sent ben acollits, però no sense deixar de produir un cert neguit entre la població. Dos dies després arribaven 4.000 soldats més i els dies van començar a passar sense que marxessin. Al contrari, ben aviat van fer-se amb el control de la ciutat, des d’on van iniciar un desplegament estratègic per tot Catalunya i van ocupar el castell de Sant Ferran de Figueres davant el neguit de la població.
Poc a poc van començar a produir-se enfrontaments entre els ciutadans barcelonins i els soldats francesos. Els francesos van ocupar la Ciutadella i Montjuïc per sorpresa i amb la tolerància d’Ezpeleta, el capità general de Catalunya, davant la irritació en augment dels barcelonins. Unes tropes que, oficialment, eren aliades i estaven mantingudes per l’Ajuntament, ocupaven els punts forts de la ciutat mentre el capità general donava ordres de calmar l’agitació creixent contra uns visitants que havien esdevingut ocupants.
Les notícies de l’aixecament de la població de Madrid contra les tropes franceses el 2 de maig de 1808, per impedir la marxa de la família reial a Baiona, on el poble creia que Napoleó tenia segrestats els monarques, i la dura repressió exercida per Murat contra els revoltats van encoratjar l’aixecament contra l’invasor.
Poc després, la insurrecció esclatava a Lleida i s’estenia a d’altres ciutats com Manresa, Igualada o Cervera. L’aixecament s’iniciaria amb una sèrie d’enfrontaments locals i amb esdeveniments com la crema del paper segellat habilitat per les noves autoritats a Manresa. A Barcelona es repetien els incidents i apareixien les primeres autoritats insurreccionals, articulades mitjançant les Juntes.
La mobilització va ser la resposta popular contra la presència francesa, però també el rebuig cap a les autoritats borbòniques tolerants amb l’invasor. D’aquesta manera, el país va abocar-se a patir el binomi guerra-revolució per la crisi interna que patia i la Guerra de la Independència va suposar el primer moviment contra l’Antic Règim a Espanya.
Sota les aparences d’unanimitat que donen determinades imatges de la guerra, la resistència amaga una gran diversitat. Pels sectors conservadors, i en especial per l’Església, la guerra suposava la lluita contra les restes del “despotisme godoyista” i contra un Napoleó que representava l’herència de la Revolució francesa. Napoleó podia ser moderat en termes socials, però conservava aversió a l’Església tradicional. Però, a més, una minoria activa i políticament conscient lluitava contra Napoleó i l’Antic Règim; i, finalment, una massa apassionada lluitava contra un nou règim estranger representat per Napoleó. Així, l’aixecament de 1808 pot considerar-se inicialment com una variant del “Visca el rei i mori el mal govern!” propi de l’Antic Règim.
Les Juntes van ser en primer lloc locals i estaven dirigides, principalment, per personalitats dels pobles partidaris de Ferran VII (clergues, militars, nobles,etc.), que pretenien canalitzar l’agitació popular. Així, el juny es constituïa a Lleida una primera Junta de Govern i Defensa, encapçalada pel bisbe, però nascuda de la pressió popular que exigia a les autoritats que declaressin si volien “seguir lo partit español com lo mateix poble ho reclamaba”. Seguidament s’anirien constituint altres juntes a les localitats catalanes més importants.
S’estava construint una mena de teixit de govern alternatiu al de les autoritats que havien restat fidels a Madrid (controlat pels francesos). Tot aquest procés va culminar amb la constitució d’una Junta Superior de Catalunya a la ciutat de Lleida, presidida pel bisbe de la ciutat i amb representants dels corregiments, que seria l’encarregada de coordinar les actuacions.
Les noves Juntes (van formar-se 18 al conjunt d’Espanya) eren una forma de canalitzar el descontentament popular i d’assumir la sobirania en absència del rei. La necessitat de coordinació dels esforços militars i una consciència primerenca d’unitat nacional van permetre que ràpidament, el setembre de 1808, es constituís un govern central, la Junta Suprema Central, reunida a Aranjuez i encarregada de coordinar la lluita armada i dirigir el país mentre es cercava l’ajuda militar de la Gran Bretanya.
La formació de les Juntes i la seva reunió en una Junta Suprema Central suposava una forma de govern radicalment nova per Espanya, que culminava el trencament amb les institucions de la monarquia. Dins de la Junta Central es distingien dues tendències, l’aristocràtica de Floridablanca i la liberal de Jovellanos, els membres més il·lustres dels que la integraven. En qualsevol cas, les declaracions de guerra que van promulgar contra els francesos les diferents juntes provincials posaven de manifest que no hi havia una autoritat central efectiva i molt menys un comandament militar unificat.
La Junta Suprema Central va reconèixer Ferran VII com a legítim rei d’Espanya i va assumir, fins el seu retorn, l’autoritat reial. El govern juntista, però, davant del progrés francès, va haver de fugir d’Aranjuez a Sevilla i, posteriorment, a Cadis el 1810, l’única ciutat que, gràcies a l’ajuda britànica, resistia el setge francès, on acabaria per dissoldre’s, no sense abans convocar unes Corts que introduirien el liberalisme polític a través de la formulació de la Constitució de 1812.