Per les raons religioses i espirituals citades (Les causes de la Reforma protestant) i per tal de frenar el creixement del protestantisme, la necessitat urgent d’una reforma al si de l’Església catòlica va ser promoguda per sectors tant laics com eclesiàstics.
L’aparició del protestantisme havia causat molts perjudicis tant espirituals com materials a l’Església catòlica. Per posar fi a aquest perill va sorgir, de l’interior mateix de l’Església, un corrent renovador, que proposava de corregir els propis errors i defensar el dogma de la fe catòlica.
Així, amb l’inici de la Reforma protestant, i el seu posterior reconeixement de fet per la pau d’Augsburg de 1555, la Reforma catòlica va adquirir noves dimensions: a la necessitat de redefinir i delimitar les seves bases doctrinals i la seva organització, s’hi va afegir la de combatre la propagació del protestantisme. D’aquí, doncs, que la Reforma catòlica sigui coneguda amb el nom de Contrareforma.
Des de mitjans de segle va iniciar-se la reforma de molts ordres religiosos, en els quals la disciplina s’havia relaxat –per exemple, Santa Teresa de Jesús va dur a terme la reforma de l’ordre del Carmel–. També es van crear nous ordres (oratoris, ursulines, etc.), els fundadors dels quals els volien dedicar a l’ensenyament, a la pregària i a la caritat.
El pes major de la Contrareforma i la lluita contra el protestantisme va correspondre a un nou ordre, la Companyia de Jesús, fundada el 1540 pel basc Ignasi de Loiola. A diferència de la resta d’ordres religiosos, aquest ordre es va caracteritzar per estar organitzada a la manera d’un exèrcit, per la rígida disciplina interna, per la seva dependència directa del Papa i per viure de la societat civil per tal d’augmentar la seva eficàcia.
Els seus objectius fonamentals van ser la propagació de la fe i la lluita contra el protestantisme, i els seus principals mitjans d’acció van ser: la predicació, la confessió (molts jesuïtes van ser confessors dels monarques, fet que els va permetre d’acomplir un important paper polític), les missions (que es van estendre per Amèrica, Àfrica i Àsia) i l’ensenyament (els jesuïtes van fundar col·legis força eficients, dirigits sobretot a la formació de les capes superiors de la societat).
El Concili de Trento (1545-1563), convocat pel papa Pau III, va ser l’organisme encarregat de reformar l’Església catòlica, posant fi a la crisi del catolicisme, i defensar-la contra el protestantisme. La fixació dels dogmes catòlics va ser realitzada després d’una llarguíssima sèrie de sessions que van iniciar-se el 1545 i van perllongar-se durant 18 anys.
L’assistència a les sessions de les altes jerarquies eclesiàstiques (prelats) i polítiques (monarques com Carles V i Felip II) van mostrar la vinculació, cada cop més estreta entre l’Església i els monarques.
La majoria de les decisions que es van adoptar a Trento, tant pel que fa als aspectes doctrinals com als organitzatius, no van ser més que una reafirmació de les velles concepcions de l’Església medieval.
Es va sostenir el principi de la salvació per la fe i les bones obres i, per tant, de la validesa de la venda de les indulgències, el culte a la Verge i als sants i el valor dels set sagraments. Els sagraments van ser definits i es van condemnar les tesis de la justificació per la fe i de la predestinació.
A més, es va reconèixer la Vulgata (versió en llatí de Sant Jeroni, del segle IV) com a única interpretació vàlida de la Bíblia, la interpretació de la qual corresponia exclusivament a l’autoritat de l’Església i el llatí restava com a única llengua eclesiàstica. Es va afirmar igualment el valor de la tradició en l’establiment de la doctrina.
Tanmateix, com a conseqüència del Concili de Trento es va reforçar l’organització interna i la jerarquització de l’Església catòlica, l’autoritat màxima de la qual va recaure en la figura del Papa, enfront d’aquells que defensaven la supremacia dels concilis.
També es van prendre mesures per a fer efectives la disciplina i el saber eclesiàstics: va prohibir-se l’acumulació de càrrecs, va obligar-se els bisbes a residir en les seves diòcesis i als sacerdots a restar en les seves parròquies, es va instar el clergat a mantenir una vida exemplar i es va mantenir l’obligació del celibat. Alhora, es va establir una nova organització episcopal i es va fomentar la formació del clergat als seminaris per a garantir una correcta formació.
D’altres mesures empreses per la Contrareforma van ser la creació d’universitats, sobretot a les zones frontereres amb el món protestant, i l’elaboració de l’Index Librorum Prohibitorum, en el qual figurarien tots els llibres que eren considerats perillosos i la lectura dels quals restava prohibida als catòlics, per part de la Congregació de l’Índex. Així mateix, es va enfortir la Inquisició per a perseguir i condemnar els heretges o els sospitosos de ser-ho.
Les decisions adoptades pel Concili de Trento van ser acceptades immediatament pels Estats Italians, Portugal i els regnes de la Monarquia Hispànica, que van esdevenir el nucli dur del catolicisme a l’Europa del segle XVI, sumant-se posteriorment a aquest eix catòlic la França borbònica d’Enric IV.
Cal tenir en compte que la majoria d’aquestes decisions conciliars no serien revisades fins a la celebració del Concili Vaticà II en la segona meitat del segle XX (1962-1965).