Ferran II el Catòlic va heretar la corona catalano-aragonesa l’any 1479, quan ja feia cinc anys que era rei de Castella. D’aquesta manera, els dos regnes més importants de la Península compartirien els sobirans, tot i que no es fusionarien, ja que el casament entre Isabel de Castella i Ferran d’Aragó no va ser més que una unió dinàstica, encara que alguns historiadors vegin, erròniament, l’origen d’Espanya en aquest matrimoni.
La política desenvolupada per Ferran el Catòlic va ser molt hàbil. En començar el seu regnat va confirmar el pactisme a través de la Constitució de la Observança de 1480 que definia la Generalitat i l’Audiència Reial com a organismes encarregats de vetllar pel compliment de l’ordre institucional del país.
A més, va reformar les institucions catalanes per tal de dotar-les de més eficàcia. Així, va instituir el règim d’insaculació a la Generalitat i als governs municipals, com el Consell de Cent barceloní. Aquest sistema d’elecció dels càrrecs públics consistia en l’elaboració d’una llista de totes les persones que aspiraven a un càrrec, per a després ser elegides per sorteig.
D’altra banda, la seva política interior va afavorir el redreçament de Catalunya després de la crisi de la baixa edat mitjana i els efectes de la guerra civil.
Així, Ferran II va solucionar el conflicte remença amb la publicació de la sentència arbitral de Guadalupe (1486) que abolia els mals usos i donava la llibertat als remences. També va dictaminar mesures proteccionistes per a facilitar la recuperació de la indústria catalana, entre les quals destaquen la reserva del mercat sicilià per als productes tèxtils catalans i la limitació de l’exportació de la llana.
A partir del 1492, coincidint amb un canvi de signe de la conjuntura europea, l’economia catalana, ajudada per algunes mesures reials (acabament de la crisi social agrària, sanejament de la moneda, reducció del dèficit de les institucions públiques, protecció a l’agricultura, enfortiment del comerç, proteccionisme industrial, reforma institucional), va experimentar un notable recobrament.
Pel que fa a la política exterior, Ferran el Catòlic va actuar amb gran diplomàcia per tal de recuperar els comtats del Rosselló i la Cerdanya. Amb Carles VIII va signar el Tractat de Barcelona, pel qual el monarca francès tornava els esmentats comtats a canvi del compromís de Ferran de no intervenir en els afers italians de França, sempre que aquests no vulneressin els interessos de la Santa Seu.
Carles VIII i més tard el seu successor, Lluís XII, van intentar d’ocupar Nàpols, per la qual cosa Ferran II, pretextant que aquest regne era feudatari de la Santa Seu, va intervenir militarment i va obtenir les victòries de Cerignola i Carigliano que van proporcionar-li la sobirania d’aquest regne, el qual va ser incorporat a la Corona d’Aragó.
Malgrat la innegable contribució de Ferran el Catòlic al redreçament català, molts historiadors consideren que el seu regnat presenta aspectes negatius per a Catalunya.
En aquest sentit, la introducció de la Inquisició castellana, malgrat que al Principat no hi havia cap problema amb els conversos, va ser molt mal acollida per les autoritats catalanes i va provocar la fugida de capitals i de mà d’obra qualificada. El mateix va passar amb l’expulsió dels jueus de 1492.
De la mateixa manera, l’absentisme del monarca (només va ser a Barcelona en sis ocasions: 1479; 1480-81; 1492-93; 1495; 1503 i 1506) i la relativa castellanització de la cort són altres factors que s’acostumen a valorar negativament del regnat de Ferran el Catòlic.
Ferran, després de la mort d’Isabel la Catòlica, va casar-se en segones núpcies amb la infanta francesa Germana de Foix (1505), unió de la qual va néixer un fill, Joan, que hauria estat, si no hagués mort aviat (1509), l’hereu de la Corona d’Aragó. Això podia haver capgirat totalment la història que coneixem ja que hagués suposat la fi de la unió dinàstica entre Castella i Aragó. D’aquesta manera, a la mort del rei Ferran, Carles V, fill de Joana la Boja, va heretar el tron de la Corona d’Aragó.
