A l’Època Moderna, especialment des de mitjans del segle XVI, sota el regnat de Francesc I, que tornaria a residir a la ciutat després d’un breu trasllat de la Cort als castells del Loira, la capital va embellir-se amb la proliferació de construccions renaixentistes, com el renovat Louvre y l’Ajuntament (Hôtel de Ville). És en aquesta època quan es construeixen monuments como el Museu d’història natural y el Palau de Luxemburg. La ciutat, oberta a les idees del renaixement, coneixerà novament un període d’esplendor intel·lectual i cultural gràcies a la introducció de la impremta, una relativa llibertat de pensament i al treball de nombrosos poetes, artistes i savis humanistes com Leonardo Da Vinci, o Andrea del Sarto. Aquesta llibertat, però s’esvairia el darrer any del seu regnat amb l’inici de la persecució dels hugonots, fet que li donaria un gran suport popular tot i la sagnia econòmica en forma d’impostos i taxes que va suposar el seu regnat pel poble parisenc, principal pagador de les seves campanyes militars contra la Monarquia Hispànica.
Paral·lelament, amb la introducció de la Reforma, París va convertir-se en un focus de constant agitació política amb l’esclat de les Guerres de Religió. Fervorosament catòlica, Paris es mostrarà profundament hostil a la Reforma, fins al punt que les passions religioses dividiran la ciutat des de 1534 en dos faccions: catòlics y hugonots (nom que rebien els protestants francesos). Enric II crearia, el 1547, un tribunal contra l’heretgia protestant: la chambre ardente, amb seu a París. Els catòlics, cada cop més radicalitzats, anirien agrupant-se al voltant de la Santa Lliga liderada pel duc de Guisa. Els catòlics es farien forts a París, mentre que els protestants tindrien la seva principal plaça a Orleans, liderats per Antoni de Borbó, rei consort de Navarra. Després de tres esclats de violència, la mort del líder protestant semblava posar fi al conflicte.
Els Borbons accedien al tron francès i s’obria una nova etapa de prosperitat per a la ciutat. La nova monarquia propiciaria l’embelliment de la ciutat com a símbol de la fortalesa de la monarquia absolutista i centralitzadora. Sota Enric IV París veuria sanejades les finances després de les llargues guerres i un renaixement del comerç i l’activitat econòmica. A més, seria el propi Enric IV qui reordenaria el pla de la ciutat entorn de la Plaça dels Vosges, continuaria la remodelació del Louvre i el castells de les Tulleries, terminaria l’Hôtel de Ville i el Pont-Neuf. A partir de la coronació del nou monarca, la ciutat ha d’honrar el seu sobirà i exaltar el seu poder. D’aquesta manera es comencen a construir les places reials: la plaça Douphine en honor del propi Enric IV o la Plaça dels Vosges pel seu fill Lluís XIII.
Així, quan, el 1570, per la Pau de Saint Germain els hugonots van poder practicar amb llibertat el seu culte, aquesta mesura no va aplicar-se a París. Semblava que el conflicte religiós havia acabat en taules i s’iniciaria una època de relativa tranquil·litat. Així, Carles IX va oferir a Enric III de Navarra (fill del difunt líder protestant Antoni de Navarra) la mà de la princesa Margarita de Valois. El casament entre Enric i Margot tindria lloc a Notre Dame davant de les protestes de la Santa Lliga i de bona part de poble de París. Quan el conflicte semblava en vies de resolució, la nit de Sant Bartomeu de 1572, el poble massacraria els protestants que es trobaven a la ciutat (moririen prop de 20.000 hugonots a tota França, 3.000 d’ells a París). La guerra es reiniciava.
Enric de Navarra va ser retingut al Louvre pel duc de Guisa, abans de ser desterrat al seu regne per protestant. Carles IX moria el 1574 i així s’iniciava el conflicte successori: quan Enric III de França, germà de Carles, anava a jurar el seu ascens al tron, Enric de Navarra es proclamava aspirant al tron. Casat amb Margot, primera en la línia de successió francesa, Enric de Navarra a més era descendent de la línia dels Capets. Així s’iniciava la “Guerra dels tres Enrics” (Enric III de França, Enric de Guisa i Enric III de Navarra) pel control de París i del tron francès.
El rei Enric III va recolzar-se en el duc de Guisa, però desconfiava de les seves aspiracions al tron (era el favorit de Felip II d’Espanya) i va prohibir que residís a París. El 1588, el duc, conscient de les simpaties que aixecava entre els parisencs, va plantar-se davant de les muralles mentre les tropes reials es desplegaven pel barri llatí, la Cité i el Louvre. Grups armats de parisencs s’aixecaren aleshores exigint el pas a la ciutat del duc i aconseguirien que Enric entrés a la ciutat aclamat pels seus seguidors. Poc duraria l’alegria del duc catòlic que seria assassinat el desembre de 1588 per un sicari de la Corona. L’any següent, un catòlic exaltat feriria de mort Enric III que abans d’expirar va reconèixer els drets successoris d’Enric de Navarra.
Proclamat rei de França el 1589, Enric IV va haver de fer front a la darrera espurna de les guerres de religió per accedir a una capital que li era hostil per la seva fe protestant i es trobava en mans de la Santa Lliga i rebia el suport de la monarquia hispànica. Quan Enric de Borbó va abjurar del protestantisme el 1593 va poder prendre possessió de París (que “bé valia una missa”). Amb l’Edicte de Nantes (1598) el nou monarca garantia la llibertat religiosa als protestants.
