L’Església medieval, a través del monacat i els vincles amb el poder polític, havia estès la seva influència a tot l’occident europeu. Era, a més, la institució que monopolitzava el saber escrit i que comptava amb una administració més desenvolupada. Per tant, qualsevol transformació que es produís al seu si afectava la resta de la societat.
Els canvis produïts al camp i el renaixement de les ciutats (penetració dels diners, desenvolupament del comerç, relativa mobilitat social, pobresa i marginació) van tenir el seu reflex al món religiós perquè van impulsar unes noves formes d’expressió religiosa que la rígida jerarquia eclesiàstica no sempre estava en condicions d’assimilar, almenys d’entrada.
Aquest és un dels motius de l’abundància de moviments considerats herètics per l’Església en aquest període (el principal moviment va ser l’heretgia dels albigesos o càtars al segle XIII), l’element comú dels quals era que rebutjaven el paper de la jerarquia eclesiàstica com a intermediària entre els fidels i la divinitat.
També, però, es van produir una sèrie de moviments de reforma encapçalats per la pròpia Església i, en ocasions, estimulats per ella mateixa per tal de restar força a les idees considerades herètiques.
Ja al segle X es va crear l’ordre de Cluny, que va fundar nombrosos monestirs. Aquesta ordre va destacar per la seva disciplina i la seva obediència al Papa, per damunt de qualsevol altre vincle de dependència. Amb això es pretenia afrontar la pressió de la noblesa feudal o de les monarquies d’exercir el control dels monestirs.
L’aparició dels cartoixans, al segle XI, i de l’ordre del Císter, al segle XII, va respondre a la voluntat de donar un contingut espiritual més gran a la vida monàstica.
Al segle XII van aparèixer les anomenades ordres mendicants, l’objectiu de les quals era predicar a les ciutats. Es deien així perquè pretenien de viure de l’almoina dels fidels. Sant Francesc d’Assís, creador de l’ordre dels franciscans, defensava la pobresa com a virtut i practicava l’amor a la natura. Santa Clara va fundar un ordre femení equivalent.

Un altre ordre mendicant de característiques diferents va ser la dels dominics, fundada per Sant Domingo de Guzmán, que estava orientada a la persecució de les heretgies. El Papa va confiar a aquest ordre el Tribunal de la Inquisició, organisme que al principi va actuar contra els albigesos, però que posteriorment tindria una influència molt més àmplia.

Les universitats. Les escoles dels monestirs europeus van ampliar progressivament les seves activitats. Els contactes amb Al-Àndalus (territori musulmà de la Península Ibèrica), per un cantó, i amb la Mediterrània oriental, per un altre, havien permès de conèixer i de traduir les obres d’alguns autors grecs i llatins de gran rellevància. Les obres de Plató i, sobretot, les d’Aristòtil van desvetllar un gran interès. Cada cop eren més nombrosos els joves enviats a estudiar.
Va arribar un moment en el qual les persones dedicades a la vida intel•lectual i a la docència van voler independitzar-se de l’autoritat i el control dels abats. Per això, sota l’empara de la pròpia Església, van crear-se les universitats, centres d’estudi amb un govern autònom (el degà n’era la màxima autoritat, i al seu costat hi havia una assemblea de professors).
En la seva majoria, les universitats van ser confiades al clergat secular i, en especial, als ordres mendicants per la seva ubicació urbana.
El vehicle d’estudi era el llatí i l’ensenyament es dividia en tres graus: batxiller, llicenciat, mestre i doctor. Després dels estudis de trivium i quadrivium es podia accedir als estudis superiors de filosofia i teologia.
L’escolàstica. La creixent recuperació d’idees de l’antiguitat clàssica, especialment les del racionalisme aristotèlic, podien posar en qüestió la visió del món oferida per l’Església cristiana.

En general, el clergat medieval tenia una formació precària i les seves explicacions eren poc rigoroses. Això justifica que sorgís un corrent de pensadors, en la seva majoria vinculats a la pròpia Església, que van intentar desenvolupar una doctrina filosòfica més elaborada i convincent que l’existent.
Aquests pensadors van aprofitar la lògica i el rigor de pensament aportats per Aristòtil i pels seus continuadors musulmans i jueus per tal d’aplicar-los al cristianisme i construir un teoria que demostrés l’existència de Déu. A més, van oferir una explicació dels fenòmens naturals, socials i espirituals de gran coherència interna: cada part s’acoblava bé amb les altres.
D’aquesta manera, tot el sistema social imperant a l’edat mitjana, el feudalisme, quedava justificat per la voluntat de Déu. Aquest conjunt d’idees es va difondre per totes les universitats i és el que denominem com a escolàstica.
Un dels seus màxims representants va ser Sant Tomàs d’Aquino, frare dominic, professor de la universitat de la Sorbona de París, l’obra més important del qual va ser la Summa Theologica (1267-74). En aquesta obra el pensador dominic intentava conciliar la seva confiança activa en la raó i la natura amb la fe. És a dir, per a Sant Tomàs demostrar allò que els cristians havien de creure forçosament, tot i que no ho entenguessin massa, era compatible amb una explicació lògica, si s’analitzava profundament. Segons Sant Tomàs, si la paraula de Déu era enunciada en termes i conceptes humans constituiria, en el sentit aristotèlic de la paraula, una “ciència” sobre Déu.