Cap a l’any 600 a.C. els grecs colonitzadors procedents de la ciutat microasiàtica de Focea van fundar les colònies de Massàlia i Alàlia, les actuals Marsella i Alèria (Còrsega). Uns anys més tard, cap al 540, en ser conquerida la seva metròpoli pel rei persa Cirus, aquests establiments urbans del Mediterrani occidental van convertir-se en el refugi dels foceus fugitius d’aquesta desfeta.

L’excedent de població explica les noves empreses que van iniciar. Les seves rutes i camins d’expansió es situaven naturalment cap a Occident i cap al sud, on es trobaven les riques terres metal·líferes de Tartessos, explotades des de ja feia quatre segles pels fenicis. En aquests territoris, i sota la protecció del rei filohel·lènic Argantonios, ja existia la factoria comercial grega de Mainake (prop de l’actual Málaga), potser l’actual Almuñécar.

La conjunció dels interessos púnics i foceus en les costes mediterrànies i en les terres del sud de la Península Ibèrica havia de cristal·litzar en una confrontació bèl·lica.

Els púnics o cartaginesos, aliats amb els etruscs, rivals també dels foceus, es van presentar amb una potent esquadra davant la ciutat d’Alàlia, on va tenir lloc, l’any 535 a.C., la primera gran batalla naval de la història.

L’escriptor i historiador grec Herodot assegura que els grecs van ser els vencedors, però la realitat és que Alàlia, el gran centre estratègic i enllaç de la Magna Grècia amb el món occidental, va resultar molt mal parada del conflicte i que Mainake va ser destruïda fins a tal punt que les seves restes no han estat per ara identificades. Des de llavors, la metròpoli dels foceus va ser Massàlia.

És en aquest panorama històric en el qual hem de situar la fundació d’Emporion cap el 585/575 a.C.

Per a l’establiment de les seves colònies els grecs preferien des dels inicis de la seva expansió les penínsules o les illes properes a les costes, ben arrecerades dels temporals. Conforme amb aquest pressupòsit i seguint la ruta citada anteriorment, els navegants massaliotes van arribar a principis del segles VI a.C. al golf de Roses, on ja existia una vella colònia ròdia, Rhode, la qual va donar el seu nom actual a la gran badia. Unes petites restes d’aquesta ciutat grega han estat identificades no fa pas gaire temps, però corresponen a un període posterior.

Els foceus van escollir per a fixar el seu establiment una illeta d’uns 300 metres de perímetre situada al costat de l’antiga desembocadura de l’actual riu Fluvià.

El creixement del nucli inicial (paleàpolis) i les bones relacions amb les tribus ibèriques van fer decidir els grecs a crear un nou assentament en terra ferma (neàpolis). Allà van desenvolupar una polis amb la planta aproximadament rectangular, amb l’eix llarg paral·lel a la platja. La superfície de l’Empúries grega és d’uns 26.000 metres quadrats.

El pla és relativament regular, com correspon a una població del temps, quan ja s’havia divulgat per tot el món grec la planta anomenada hipodàmica, perquè se suposa que l’inventor va ser Hipodamos, un arquitecte de Millet. Aquest tipus de distribució de carrers i cases, en vies paral·leles en dues direccions, que s’encreuen en angle recte, és l’estil que s’imposaria a l’època hel·lenística, que posteriorment adoptarien els romans i que després de molts segles va tornar a ser característic de les ciutats en la societat moderna.

A Empúries, com passava sovint, la distribució de l’espai urbà va aplicar-se d’una manera no gaire sistemàtica, però el concepte responia sense reserves a la disposició hipodàmica.

Les construccions monumentals tenien dues zones. Al centre de la ciutat, a l’encreuament de les vies principals, hi havia, segons les normes habituals, l’àgora, la plaça major, voltada d’edificis públics, entre els quals destacava la stoa, un mercat amb porxos que devia ser un dels centres de la vida econòmica de la ciutat. I a l’extrem de migdia, tocant la muralla, s’estenia el barri dels temples.

El nucli de vida civil i comercial quedava així englobat dins del mateix cor de la ciutat, la part sagrada més aviat aïllada, enfora de l’enrenou de la vida quotidiana.

Tot plegat demostra, com la mateixa planta general, unes idees ordenadores que coincideixen amb tots els altres elements arqueològics trobats per a demostrar-nos que l’Empúries que ara podem veure és una fase relativament tardana de l’assentament. L’antic establiment devia tenir un aire molt més espontani i probablement no tan lògic.